金融机构缴存至人民银行的现金中发现假币时，人民银行将依据《中华人民共和国人民币管理条例》和《中国人民银行货币鉴别及假币收缴、鉴定管理办法》等法规，对涉事金融机构采取以下处罚措施：

1. 警告与通报批评
   若金融机构在假币收缴、保管或解缴过程中存在管理漏洞（如未严格执行双人收缴、未建立假币收缴台账等），人民银行将首先给予警告，并可能通过内部通报或公开批评的方式督促整改。

2. 罚款处罚
   根据违规情节轻重，罚款幅度分为两档：

   • 一般违规：对直接负责的主管人员和其他责任人员处1000元以上5万元以下罚款；
     
   • 情节严重（如多次违规、拒不整改或导致假币流入市场）：对金融机构处1000元以上50万元以下罚款。
     注：罚款对象既包括机构，也可能涉及个人责任。

3. 责令限期整改
   人民银行会要求金融机构在规定期限内完善内控制度，包括但不限于：

   • 升级现金处理设备（如点钞机、清分机）的假币识别功能；
     
   • 加强员工反假货币培训并考核；
     
   • 优化假币收缴、保管、解缴流程，确保可追溯性。

4. 暂停相关业务资格
   若金融机构长期存在重大违规（如与不法分子勾结流通假币），人民银行可暂停其现金收付业务资格或假币收缴鉴定资格，直至整改验收合格。

5. 移交司法机关（极端情况）
   若查实金融机构工作人员参与伪造、变造货币或明知是假币而故意流通，将依法移送公安机关追究刑事责任，涉及罪名可能包括“持有、使用假币罪”或“金融工作人员购买假币、以假币换取货币罪”。

实务建议：
金融机构应建立“现金处理全流程风险防控机制”，包括：

• 每日解缴前由双人复核假币收缴记录；
  
• 定期与人民银行核对假币冠字号码数据；
  
• 对高风险岗位（如出纳、清分）实施轮岗和强制休假制度。
  

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