结论：已被确权登记的宅基地超占面积，村集体不能直接起诉腾退，但可以通过其他合法途径要求腾退或处理超占部分。
分析说明：
宅基地确权登记的法律意义：
- 宅基地确权登记是确认宅基地使用权归属的法定程序，一旦完成确权登记，宅基地使用权人即享有法律上的使用权，受法律保护。
- 超占面积部分，如果未经合法程序批准，则属于违法占地，但这并不意味着村集体可以直接起诉要求腾退。
村集体的权利与途径：
- 村集体作为宅基地的所有权人，对宅基地的使用有监督和管理权。对于超占面积部分，村集体可以要求宅基地使用权人停止超占行为，并恢复原状或补办相关手续。
- 如果宅基地使用权人拒绝配合，村集体可以通过向相关部门（如国土资源部门）举报，由相关部门依法处理，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋等。
- 在极端情况下，如果超占行为严重损害了村集体的利益，且其他途径无法解决，村集体可以考虑通过法律途径（如提起民事诉讼）来维护自己的权益，但直接起诉腾退并非首选或唯一途径，且需符合法律规定的起诉条件。
法律程序与要求：
- 无论是通过行政途径还是法律途径处理超占面积问题，都需要遵循法定程序和要求。例如，向相关部门举报时需要提供充分的证据材料；提起民事诉讼时需要符合起诉条件、准备充分的诉讼材料等。
- 在处理过程中，宅基地使用权人也有权进行陈述和申辩，甚至提起行政复议或行政诉讼来维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果超占面积部分已经构成了对村集体或其他村民合法权益的侵害（如影响了通行、排水等），且宅基地使用权人拒绝配合处理，那么村集体在维护自身权益的同时，也需要考虑如何平衡各方利益，避免引发更大的矛盾和纠纷。
行动建议：
- 对于宅基地使用权人而言，如果发现自己存在超占面积的情况，应主动与村集体沟通协商，寻求合法合规的解决方案（如补办手续、调整用地等）。
- 对于村集体而言，在处理超占面积问题时，应坚持依法依规的原则，通过合法途径来维护自己的权益，同时也要注重方式方法，避免引发不必要的矛盾和纠纷。
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