结论：厂里直招却挂中介发工资，且满三个月后才交社保的行为，部分不合法，具体分析如下：
关于直招却挂中介发工资
- 法律关系分析：如果工厂直接招聘员工，那么工厂与员工之间应当建立直接的劳动关系。此时，工资应当由工厂直接支付给员工。若工厂将工资发放事宜委托给中介，但员工并未与中介建立任何形式的劳动关系（如劳务派遣、劳务外包等），则这种做法可能涉嫌规避法律责任，如逃避为员工缴纳社保、提供劳动保护等义务。
- 合法性判断：除非工厂与中介之间存在合法的委托代理关系，且该关系已明确告知员工，同时中介也按照法律规定履行了相应义务（如代扣代缴个税等），否则这种做法可能不合法。员工有权要求工厂直接支付工资，并享有与直接劳动关系相对应的权益。
关于满三个月后才交社保
- 法律规定：根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。”因此，工厂在员工入职后满三个月才交社保的行为，明显违反了法律规定。
- 合法性判断：工厂必须在员工入职后三十日内为其办理社保登记并缴纳社保费。延迟缴纳社保不仅损害了员工的合法权益，还可能面临劳动行政部门的处罚。
建议：
- 对于员工而言，如果遇到这种情况，首先应当与工厂沟通，要求工厂直接支付工资并尽快办理社保登记。
- 如果工厂拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
- 在此过程中，员工应当保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作证等，以便在需要时证明自己的劳动关系和权益。