单位对员工与他人保持不正当关系的处理需分情况讨论，核心结论如下：
若不正当关系未违反单位规章制度或公序良俗
单位通常无权直接干预员工的私人生活。根据《民法典》第1032条，自然人享有隐私权，单位不得非法刺探、公开他人私生活信息。若员工行为未影响工作（如未迟到早退、未泄露单位机密、未利用职务之便谋利等），单位一般只能通过道德劝导或内部培训引导，但无法采取纪律处分。
若不正当关系违反单位规章制度
若单位在《员工手册》或劳动合同中明确规定“禁止员工与同事/客户/供应商等发生不正当关系，否则视为严重违纪”，且该制度经民主程序制定并公示（依据《劳动合同法》第4条），单位可依据制度采取纪律处分，包括警告、降薪、调岗甚至解除劳动合同。
关键点：单位需证明员工行为确实违反制度，且制度内容合法合理（如不涉及性别歧视、不侵犯隐私等）。若制度未明确或未公示，单位处分可能被认定为违法。
若不正当关系涉及职务违法或犯罪
若员工利用职务之便（如财务人员与供应商勾结、公职人员与管理对象发生关系并谋利），可能涉嫌贪污、受贿、滥用职权等犯罪（依据《刑法》第382-385条、第397条）。此时单位需配合司法机关调查，并可依据《劳动合同法》第39条，以“被依法追究刑事责任”为由解除劳动合同。
注意：单位需区分“道德问题”与“法律问题”，避免将普通不正当关系上升为刑事案件。
若不正当关系导致单位声誉受损
若员工行为被公开（如被媒体报道、被客户投诉），且严重损害单位商誉（依据《反不正当竞争法》第11条），单位可依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反公序良俗或职业道德”为由解除劳动合同。
建议：单位需保留证据（如媒体报道截图、客户投诉记录），并在处分前听取员工申辩，避免程序违法。
总结：单位处理此类问题需兼顾“合法性”与“合理性”，既要维护规章制度，也要尊重员工隐私权。若您是单位方，建议提前完善制度并公示；若您是员工方，建议先核对制度内容，再评估单位处分是否合法。如有具体案例，可进一步向我说明细节，我会为您分析风险点。