在环保部门立案前已取得行政许可的，需根据许可的合法性、有效性及与立案事项的关联性分情况处理，具体如下：

1. 若行政许可合法有效且与立案事项无直接冲突
   根据《行政许可法》第八条，合法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变或撤销。若环保部门立案调查的事项（如企业排污行为）与已取得的行政许可（如排污许可证）范围、条件一致，且企业严格按许可要求运营，则行政许可可作为合法性抗辩依据。此时，环保部门应重点审查企业是否存在超许可范围、违反许可条件等违法行为，而非直接否定许可效力。

2. 若行政许可存在程序或实体瑕疵
   若许可的取得存在程序违法（如未公示、未听证）或实体违法（如许可依据的法规已废止、许可条件不满足），根据《行政许可法》第六十九条，行政机关可依法撤销或部分撤销许可。此时，即使企业在立案前已取得许可，若许可自始无效或被撤销，环保部门仍可依据实际违法行为立案处罚，但需注意：

   • 撤销许可需遵循法定程序，企业有权申请听证或复议；
     
   • 若企业主观无过错（如因行政机关误导取得许可），可能适用《行政处罚法》第三十三条“首违不罚”或减轻处罚。

3. 若行政许可与立案事项无关联
   若环保部门立案调查的事项（如固体废物处理）与已取得的许可（如水污染排放许可）无关，则许可的取得不影响立案程序。企业仍需就未获许可的事项承担法律责任，但已取得的合法许可可作为其合规运营的证明，可能影响处罚幅度（如从轻处罚）。

实务建议：

• 企业应保留行政许可的完整文件（包括申请材料、审批记录、许可证书），以证明许可的合法性；
  
• 若面临立案调查，需第一时间核对许可范围与调查事项的关联性，必要时委托律师分析许可效力；
  
• 若许可存在瑕疵，可主动向发证机关申请补正或撤销，避免在行政处罚程序中被动。
  

如需进一步分析具体案件中的许可效力或应对策略，可直接向我咨询。