针对您提出的“被许可人申请撤回已作出的行政许可的如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，行政许可的撤回并非由被许可人主动申请即可直接实现，而是行政机关在特定情况下，为了公共利益的需要，依法对已经生效的行政许可进行变更或撤销的行为。不过，若被许可人因自身原因或考虑到公共利益等因素，希望撤回已获得的行政许可，其可以向行政机关提出相关申请，但最终是否撤回仍需由行政机关根据法律法规及实际情况进行判断。

一、行政许可撤回的法律依据与适用条件

根据《中华人民共和国行政许可法》第八条第二款的规定，行政许可撤回的主要法律依据在于：当行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化时，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。这构成了行政许可撤回的两大前提条件：

1. 法律规范变动：若相关法律、法规、规章发生修改或废止，导致原本合法的行政许可失去了存在的基础，行政机关可考虑撤回。
2. 客观情况重大变化：如公共安全、环境保护等方面出现新的形势，使得原行政许可不再适应当前情况，行政机关同样可考虑撤回。

二、被许可人申请撤回的处理流程

虽然被许可人可以提出撤回申请，但行政机关在处理此类申请时，需严格遵循法定程序：

1. 受理申请：行政机关首先需受理被许可人的撤回申请，并对其申请材料进行初步审查。
2. 审查与评估：行政机关将对撤回申请进行详细审查，评估撤回的必要性、合理性及可能对公共利益造成的影响。
3. 作出决定：若行政机关认为撤回申请符合法律法规及公共利益需要，将作出书面决定，明确说明撤回行政许可的事实依据和法律规定。
4. 通知与补偿：行政机关需将撤回决定通知被许可人，并依法给予因撤回而遭受财产损失的公民、法人或其他组织以补偿。

三、行政许可撤回的后果与补偿

因撤回行政许可给公民、法人或其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法承担补偿责任。这体现了信赖保护原则，即行政机关应对其合法行为产生的合理预期负责，并在必要时给予相应补偿。

四、注意事项

1. 撤回与撤销的区别：撤回主要是因为法律规范变动或客观情况重大变化，且为了公共利益的需要；而撤销则是因为行政机关在作出行政许可决定时存在违法行为。两者在原因、处理方式及后果上均存在本质区别。
2. 被许可人的权益保障：在撤回过程中，行政机关应充分保障被许可人的知情权、参与权及补偿权等合法权益。

综上所述，虽然被许可人可以提出撤回已作出的行政许可的申请，但最终是否撤回仍需由行政机关根据法律法规及实际情况进行判断。在处理此类申请时，行政机关应严格遵循法定程序，确保撤回行为的合法性和合理性，同时依法保障被许可人的合法权益。