申请工程承包合同撤销仲裁约定条款的法律依据主要来源于《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，具体分析如下：

1. 仲裁协议无效的情形：

   • 根据《仲裁法》第十七条，有下列情形之一的，仲裁协议无效：
     • 约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；
     • 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；
     • 一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
   • 若工程承包合同中的仲裁约定条款存在上述情形之一，当事人可以向法院申请确认该仲裁协议无效，从而撤销该条款。

2. 仲裁协议可撤销的情形：

   • 虽然《仲裁法》未直接规定仲裁协议可撤销的具体情形，但根据一般法律原则，若仲裁协议存在重大误解、显失公平或欺诈、胁迫等情形，导致当事人意思表示不真实，当事人可以依据《民法典》中关于可撤销民事法律行为的规定，请求法院或仲裁机构撤销该仲裁协议。
   • 例如，若当事人在订立工程承包合同时，对仲裁条款的理解存在重大误解，或者该条款的订立显失公平，一方当事人可以依法申请撤销。

3. 申请撤销仲裁约定条款的程序：

   • 当事人应向有管辖权的法院提出申请，通常是被申请人住所地或者仲裁协议签订地的中级人民法院。
   • 申请时，应提交书面申请书，并附上相关证据材料，如工程承包合同、仲裁协议、证明仲裁协议无效或可撤销的证据等。
   • 法院将依法对申请进行审查，并作出裁定。若裁定撤销仲裁约定条款，则该条款自始无效，当事人可以依法向法院提起诉讼解决争议。

4. 注意事项：

   • 当事人在申请撤销仲裁约定条款时，应确保申请符合法定条件，并准备充分的证据材料。
   • 撤销仲裁约定条款的申请应在法定期限内提出，通常是在知道或应当知道撤销事由之日起一定期限内（具体期限可能因地区或案件类型而异，需根据相关法律法规确定）。
   • 若当事人未能在法定期限内提出申请，或者申请被法院驳回，则仲裁约定条款仍然有效，当事人应按照约定通过仲裁方式解决争议。

建议：在申请撤销工程承包合同中的仲裁约定条款前，当事人应仔细审查合同条款及订立过程，评估是否存在无效或可撤销的情形。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保申请的合法性和有效性。若你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。