结论：法定节假日值班已经发放了三倍工资的情况下，工作时长是否计入总工时，需根据具体的工作性质、劳动合同约定以及相关法律法规来综合判断。一般情况下，法定节假日的工作时长是计入总工时的，但这并不影响劳动者依法获得三倍工资的权益。
分析说明：
法定节假日工作时长与总工时的关系：
- 法定节假日是劳动者依法享受的休息日，但根据工作需要，劳动者可能需要在这些日子里工作。
- 工作时长，通常指的是劳动者在一定时间内为用人单位提供劳动的时间总和。法定节假日的工作时长，自然也是劳动者提供劳动的一部分，因此在一般情况下，是计入总工时的。
法定节假日工作的工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定节假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这意味着，即使法定节假日的工作时长计入总工时，劳动者也有权获得额外的三倍工资，这是对其在特殊日期工作的补偿。
劳动合同与规章制度的影响：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间约定劳动条件、劳动报酬等事项的协议。如果劳动合同中明确规定了法定节假日工作时长不计入总工时，或者对工资支付有特别约定，那么应按照劳动合同的约定执行。
- 同时，用人单位的规章制度也可能对法定节假日的工作时长和工资支付有具体规定。如果规章制度与法律法规相冲突，应以法律法规为准；如果规章制度与劳动合同相冲突，应以劳动合同为准。
特殊场景：
- 在某些特殊行业或岗位，如医疗、交通、公共安全等，劳动者可能需要经常在法定节假日工作。对于这些行业或岗位，用人单位可能会通过轮休、调休等方式来保障劳动者的休息权，同时确保工作的连续性。在这种情况下，法定节假日的工作时长虽然计入总工时，但劳动者可能通过其他方式获得补偿或休息。
行动建议：
- 对于劳动者：如果你在法定节假日被安排工作，并已经获得了三倍工资，但不确定工作时长是否计入总工时，可以查看你的劳动合同或用人单位的规章制度。如果有疑问或争议，可以向用人单位的人力资源部门咨询或寻求法律援助。
- 对于用人单位：在安排劳动者在法定节假日工作时，应确保遵守相关法律法规，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。同时，可以通过劳动合同或规章制度明确法定节假日工作时长与总工时的关系，以避免不必要的争议。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：……（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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