对于两个均为停业3个月的行政处罚合并执行的情况，通常不会简单地将停业期限相加至6个月，而是根据具体情况选择其中一个处罚执行，或是在法律规定的幅度内重新确定停业期限，但一般不会超过法定最高限。具体分析如下：
合并处罚的基本原则：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，当有两个或两个以上的行政违法行为时，行政机关可以依法对违法行为人进行合并处罚。但合并处罚并非简单地将各项处罚的期限或数额相加，而是需要综合考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度以及违法者的主观过错等因素。
停业处罚的合并执行：
- 对于两个均为停业3个月的行政处罚，如果它们是基于同一或相关联的违法行为作出的，行政机关在合并处罚时，通常会考虑选择其中一个较重的处罚执行，或者根据违法行为的实际情况，在法律规定的幅度内重新确定一个合理的停业期限。
- 如果两个停业处罚是针对完全独立的两个违法行为作出的，且这两个违法行为都足以构成停业处罚的条件，那么行政机关在合并处罚时，仍然需要遵循上述原则，即综合考虑后确定一个合理的停业期限，而不是简单地将两个3个月的停业期限相加。
法定最高限的考虑：
- 在确定合并后的停业期限时，行政机关还需要注意不得超过法律规定的最高限。如果法律对停业处罚的期限有明确的上限规定，那么合并后的停业期限不得超过这个上限。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，行政机关在合并处罚时具有一定的灵活性。它们可以根据违法行为的实际情况、违法者的态度以及社会影响等因素，对合并后的停业期限进行适当的调整。但这种调整必须在法律规定的范围内进行，且需要确保处罚的公正性和合理性。
建议：如果面临此类合并处罚的情况，建议及时与作出处罚的行政机关进行沟通，了解合并处罚的具体依据和理由。如果认为合并处罚存在不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，可直接向我咨询。