工厂保安的工作时间从9小时变为12小时是否合法，需根据具体情况及工时制度来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 标准工时制下的合法性

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。在标准工时制下，如果工厂保安的工作时间从9小时变为12小时，显然超出了法定工作时间，因此这种安排是不合法的。

2. 特殊工时制下的合法性

   • 某些企业因生产经营特点，可申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门审批。若保安岗位经审批实行这些特殊工时制，并且在计算周期内平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准基本相同，那么保安每天工作12小时可能不违法。但即便如此，如果计算周期内总工时超出法定标准，超出部分仍应算作加班，并依法支付加班工资。

3. 加班及报酬规定

   • 无论采用何种工时制，如果工厂安排保安延长工作时间，都应依法支付加班工资。具体来说：
     • 延长工作时间（即加点）的，应支付不低于工资的150%的工资报酬。
     • 休息日安排工作且不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬。
     • 法定休假日安排工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。
   • 如果工厂未按规定支付加班工资，那么即使采用了特殊工时制，每天工作12小时的安排也是不合法的。

4. 劳动者权益保护

   • 保安如认为工厂的工时安排和加班报酬支付不合理、不合法，有权与工厂协商。
   • 协商不成时，保安可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 在大多数情况下，工厂保安的工作时间从9小时变为12小时是违法的，因为这违反了《劳动法》关于工作时间的规定。
• 如果工厂确实需要保安延长工作时间，应依法申请特殊工时制，并确保在计算周期内总工时不超过法定标准，同时依法支付加班工资。
• 保安应了解自己的合法权益，如认为工厂的工时安排和加班报酬支付不合理、不合法，应及时与工厂协商或寻求法律援助。

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