针对您提出的问题，即员工提交了一个月病假单，公司能否只批复前面两周而不批复后续两周，这需要根据公司的具体规章制度以及相关法律法规来综合判断。
首先，从公司规章制度的角度来看，如果公司有明确的病假管理政策，并且该政策中规定了病假的审批流程、病假期限以及审批权限等，那么公司应当依据这些规定来处理员工的病假申请。如果政策中没有明确规定可以部分批复病假，那么公司单方面只批复部分病假可能缺乏制度依据。
其次，从法律法规的角度来看，员工提交病假单后，公司有权对病假的真实性进行审查，包括要求员工提供病历本、病假证明、医药费单据等。如果公司对员工的病假有合理怀疑，也可以在符合规章制度及不违背合理性、便利性、公平性等前提下，要求员工到指定医院进行复查。然而，这并不意味着公司可以随意决定批复或不批复病假的期限。
在处理此类问题时，公司应当遵循以下原则：
合理性原则：公司应当基于员工的实际病情和医疗需要，合理审批病假期限。如果员工确实需要一个月的病假来恢复健康，公司只批复两周可能缺乏合理性。
公平性原则：公司应当对所有员工一视同仁，按照相同的标准和程序审批病假。不能因为个别员工的特殊情况或公司内部的其他因素而偏袒或歧视某些员工。
合法性原则：公司的病假管理政策应当符合国家法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。例如，公司不能随意扣除员工的病假工资或解除与员工的劳动合同。
基于以上分析，如果员工提交了一个月病假单，并且病假证明真实有效，公司应当根据员工的实际病情和医疗需要，合理审批病假期限。如果公司认为员工不需要一个月的病假，或者对病假的真实性有疑问，可以要求员工提供进一步的医疗证明或进行复查，但不能单方面只批复部分病假而不给出合理理由。
因此，我的建议是，公司应当与员工进行沟通，了解员工的实际病情和医疗需要，然后根据公司的规章制度和相关法律法规来合理审批病假期限。如果公司确实需要限制病假的期限，应当在规章制度中明确规定，并在审批病假时向员工说明理由和依据。