医疗期内协商一致解除劳动合同，公司赔偿需根据具体情况确定，一般包括经济补偿金，特定情况下可能涉及医疗补助费。具体分析如下：

1. 经济补偿金
   根据《劳动合同法》第四十六条、第四十七条，若用人单位提出协商解除劳动合同，需按劳动者在本单位工作年限支付经济补偿金：
   

• 每满1年支付1个月工资；
  
• 6个月以上不满1年的，按1年计算；
  
• 不满6个月的，支付半个月工资。
  月工资标准：劳动合同解除前12个月的平均工资（含奖金、津贴等），若高于当地社平工资3倍的，按3倍封顶计算，且补偿年限不超过12年。

1. 医疗补助费（特定情形）
   若劳动者在医疗期内被鉴定为完全丧失劳动能力或大部分丧失劳动能力，根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》（虽已废止，但部分地区仍参照执行）及地方性规定，用人单位可能需额外支付医疗补助费：
   

• 医疗补助费标准通常为6-12个月工资（具体以地方规定为准）；
  
• 若地方无明确规定，实践中可能结合劳动者病情、工龄等因素酌情支持。
  需注意：若劳动者未进行劳动能力鉴定，或鉴定结果为未丧失劳动能力，则可能不涉及医疗补助费。

1. 其他注意事项
   

• 医疗期时长：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与劳动者工龄及在本单位工作年限相关（如3-24个月不等），用人单位需确保解除合同时劳动者已过医疗期，或医疗期已依法延长。
  
• 协商程序合法性：双方需签订书面解除协议，明确赔偿金额、支付方式等条款，避免口头约定引发纠纷。
  
• 社保与档案转移：用人单位需依法为劳动者办理社保转移、档案移交等手续，否则可能承担赔偿责任。

建议：若您已与用人单位协商解除合同，可要求用人单位在协议中明确赔偿项目及金额，并保留医疗期证明、工资记录等证据。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。