核心结论：原基改建虽有合法手续，但占用一小部分基本农田仍属于违法行为，需承担相应法律责任，不过可根据具体情况采取补救措施来减轻或免除处罚。以下是具体分析：
违法性认定
基本农田是按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。我国对基本农田实行严格保护制度，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。即便原基改建有合法手续，但只要占用了基本农田，就违反了《中华人民共和国土地管理法》以及《基本农田保护条例》等相关法律法规的规定，属于违法行为。
法律责任
- 行政责任：
- 县级以上人民政府自然资源主管部门会责令限期改正或者治理。这意味着相关部门会要求你在规定时间内恢复被占用的基本农田的原状，比如拆除在基本农田上新建的建筑物、构筑物等，并进行复垦，使其达到可以耕种的状态。
- 可以并处罚款，罚款数额为耕地开垦费的2倍以下。具体罚款金额会根据占用基本农田的面积、情节严重程度等因素来确定。例如，如果占用面积较小且情节较轻，罚款可能相对较低；但如果占用面积较大或者存在恶意占用等严重情节，罚款金额会相应提高。
- 刑事责任（若情节严重）：
- 如果违反土地管理法规，非法占用基本农田5亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地大量毁坏的，会构成非法占用农用地罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。这里“造成耕地大量毁坏”是指行为人非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田5亩以上或者基本农田以外的耕地10亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。
补救措施
- 主动整改：在收到相关部门的整改通知后，应积极主动地按照要求进行整改，尽快恢复基本农田的种植条件。比如及时拆除违法建筑，清理建筑垃圾，进行土地平整和复垦等工作。主动整改的态度和行动可能会在一定程度上减轻行政处罚的力度。
- 申请调整规划（特殊情况）：如果因特殊原因确实需要占用基本农田，且符合土地利用总体规划调整的条件，可以按照法定程序向有关部门申请调整土地利用总体规划，将所占用的基本农田调整为一般耕地或其他用地类型。但这种情况审批非常严格，需要满足一系列的条件和程序，并且要经过多级政府部门的审核和批准。
- 协商补偿（若涉及他人权益）：如果占用的基本农田涉及他人的承包经营权等权益，应与权利人进行协商，给予合理的补偿，以避免引发更多的法律纠纷。补偿方式可以包括货币补偿、土地置换等，具体方式应根据实际情况和双方协商确定。