国有企业副总经理和财务负责人存在亲属关系是不被允许的。以下从法律规定和潜在风险两个角度进行详细分析：
一、法律规定
依据《会计基础工作规范》的相关规定，国家机关、国有企业、事业单位在任用会计人员时，应当实行回避制度。具体而言，单位领导人的直系亲属不得担任本单位的会计机构负责人、会计主管人员。这一规定旨在确保财务工作的独立性和公正性，防止因亲属关系而产生的财务违规行为。在国有企业中，副总经理作为单位的高级管理人员，其直系亲属担任财务负责人显然违反了这一回避制度。
二、潜在风险
增加财务风险：
- 亲属关系可能导致财务决策中的偏颇或不公正，进而增加公司的财务风险。例如，财务负责人可能因与副总经理的亲属关系而放松对财务操作的监督，导致不规范财务操作、资金挪用或滥用等问题的发生。
影响财务独立性：
- 财务工作的独立性是确保财务信息真实性和可靠性的关键。亲属关系可能影响财务人员的独立判断和专业性，使其难以客观、公正地履行职责。这可能导致财务信息失真，进而损害公司的利益。
损害公司声誉：
- 一旦因亲属关系导致的财务问题被曝光，将严重损害公司的声誉和信誉。投资者和合作伙伴可能因此对公司产生不信任感，影响公司的长期发展。
内部利益输送与监督失效：
- 亲属关系可能导致内部利益输送，使得财务监督机制失效。财务负责人可能因与副总经理的亲属关系而偏袒其利益，损害公司及其他股东的利益。
建议与措施
建立健全内部监督和制衡机制：
- 国有企业应建立健全内部监督和制衡机制，确保财务工作的独立性、公正性和透明度。这包括设立独立的审计部门、加强内部审计工作、完善财务审批流程等。
明确规定任职回避情形：
- 国有企业应在公司章程中明确规定财务人员的任职回避情形，如禁止单位领导人的直系亲属担任财务岗位等。这有助于降低潜在风险并维护公司的健康发展。
加强员工培训与教育：
- 国有企业应加强对员工的培训与教育，提高其对财务法规和公司制度的认识和理解。这有助于增强员工的合规意识和风险意识，减少因亲属关系而产生的财务违规行为。
综上所述，国有企业副总经理和财务负责人存在亲属关系是不被允许的。国有企业应严格遵守相关法律法规和公司制度的规定，确保财务工作的独立性、公正性和透明度。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。