结论：针对您提出的“分公司注销了，工程款进了总公司，现在要不回来怎么办”的问题，这主要涉及到合同相对性、债务承担以及可能的法律救济途径。以下是从不同角度为您提供的详细分析和建议。
一、合同相对性与债务承担
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利和义务原则上仅约束合同双方当事人。若工程款原本应支付给分公司，但分公司已注销，且款项错误地支付给了总公司，这并不直接改变原合同的相对性。然而，若总公司实际接收了款项并使用了该资金，可能构成不当得利或需承担相应的法律责任。
债务承担：
- 分公司注销后，其债务原则上应由总公司承担，因为分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。若工程款本应支付给分公司，但分公司已注销，且总公司接收了款项，那么总公司有义务处理与该款项相关的债务问题。
二、法律救济途径
协商与调解：
- 首先，您可以尝试与总公司进行协商，说明情况并要求其返还工程款或承担相应债务。若协商无果，可以考虑通过第三方调解机构进行调解，以达成和解协议。
诉讼途径：
- 若协商和调解均无法解决问题，您可以考虑通过诉讼途径来维护自己的权益。具体来说，您可以向法院提起诉讼，要求总公司返还工程款或承担相应债务。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明款项的支付情况、分公司的注销情况以及总公司的接收情况等。
- 证据准备：包括但不限于工程合同、付款凭证、分公司注销证明、总公司接收款项的证明等。这些证据将有助于证明您的主张并支持您的诉讼请求。
申请财产保全：
- 在提起诉讼的同时或之前，若您担心总公司会转移或隐匿财产，您可以向法院申请财产保全措施，以冻结总公司的相关资产，确保判决能够得到有效执行。
三、特殊情况考虑
- 若总公司拒绝承担责任：若总公司明确拒绝承担分公司的债务或返还工程款，您需要更加积极地通过法律途径来维护自己的权益。这可能包括提起诉讼、申请强制执行等。
- 若涉及多方债务：若分公司注销时存在多方债务，且工程款涉及其中，您需要与其他债权人协商或通过法律途径确定债务的清偿顺序和比例。
四、建议与注意事项
- 及时行动：一旦发现工程款被错误支付或总公司拒绝承担责任，应尽快采取行动，以免错过最佳的维权时机。
- 专业咨询：在处理此类复杂法律问题时，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和策略。
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有相关证据，以备不时之需。
若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和策略。