企业通过部分工资由人力资源公司代发以降低社保缴纳的做法不合法。以下从多个角度进行分析：

1. 社保缴纳的基数与范围
   根据《社会保险法》及相关规定，企业应当以职工实际工资总额作为社保缴费基数。若企业将部分工资通过人力资源公司代发，导致社保缴费基数低于实际工资水平，属于未足额缴纳社保的行为。这种做法直接违反了社保缴费基数的法定要求，可能面临社保部门的稽查与处罚。

2. 劳动关系与责任主体
   即使部分工资由人力资源公司代发，若职工与企业仍存在实际劳动关系（如签订劳动合同、接受企业直接管理），企业仍需承担社保缴纳的法定义务。人力资源公司仅作为代发方，不改变企业与职工之间的劳动关系本质，企业无法通过此方式转移社保责任。

3. 法律风险与后果

   • 行政处罚：社保部门可责令企业补缴欠缴的社保费用，并加收滞纳金；情节严重的，可能对企业处以罚款。
     
   • 劳动争议：职工若发现企业未足额缴纳社保，可依据《劳动合同法》要求企业补缴，甚至以此为由解除劳动合同并主张经济补偿。
     
   • 税务风险：若代发工资涉及虚开发票或隐瞒收入，可能触发税务稽查，企业需承担补税、罚款等责任。

4. 合规建议
   企业应依法以职工实际工资总额为基数缴纳社保，避免通过代发工资等方式规避义务。若需优化人力成本，可通过合法途径如调整薪酬结构（如绩效工资、福利补贴等）、申请社保缓缴或降低费率（符合政策条件时）等方式实现，但需确保符合法律规定。

总结：企业通过部分工资代发降低社保缴纳的做法存在重大法律风险，建议立即停止并整改。如有进一步疑问或需具体合规方案，可直接向我咨询。