结论：工作报酬中是否可以包含甲方应向乙方支付的加班费及其他费用，需根据具体情况判断，若双方协商一致且符合法律规定，则是合法的；若未协商一致或违反法律规定，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、合法性分析
双方协商一致的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者可以就劳动报酬的构成进行协商，包括基本工资、加班费、奖金等。如果双方在劳动合同中明确约定，工作报酬中已包含加班费及其他费用，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种约定是合法的。
- 举例：假设甲乙双方签订劳动合同，约定乙方月工资为5000元，其中包含加班费1000元及其他费用500元。只要这一约定是双方真实意思的表示，且没有违反最低工资标准等法律规定，那么该约定就是有效的。
未协商一致或违反法律规定的情况：
- 如果用人单位未与劳动者协商一致，单方面将加班费及其他费用包含在工作报酬中，且该做法导致劳动者的实际收入低于最低工资标准或违反了其他劳动法律规定，那么这种做法是不合法的。
- 举例：假设某地区最低工资标准为2000元/月，而用人单位与劳动者约定的月工资为1800元，并声称其中已包含加班费及其他费用。这种约定显然违反了最低工资标准的规定，因此是不合法的。
二、法律后果及建议
法律后果：
- 如果用人单位的约定不合法，劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费及其他费用。
- 用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
建议：
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于劳动报酬的构成部分。如果发现用人单位将加班费及其他费用包含在工作报酬中，且该做法可能损害自己的合法权益，应及时与用人单位协商修改合同条款或寻求法律援助。
- 对于用人单位：在制定劳动合同条款时，应遵守相关法律法规的规定，确保劳动报酬的构成合法合理。如果确实需要将加班费及其他费用包含在工作报酬中，应与劳动者充分协商并达成一致意见，同时在合同中明确约定相关条款。
总结：工作报酬中是否可以包含加班费及其他费用，取决于双方的协商结果以及是否符合法律规定。在签订劳动合同时，双方应充分协商并明确约定相关条款，以确保各自的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。