结论：对事业单位制定的不合理制度，一般不能直接向法院起诉要求撤销或变更该制度本身，但若该制度侵犯了您的合法权益，您可以通过法律途径维护自身权益。以下从不同角度为您详细分析：
一、事业单位制度的性质与法律救济途径
内部管理性质：
- 事业单位制定的制度，通常属于内部管理规范，用于规范单位内部的工作秩序、人员管理等。这类制度一般不直接对外产生法律效力，也不属于行政法规、规章或具有普遍约束力的决定、命令。
- 法律后果：因此，对于这类内部管理制度，一般不能直接向法院提起行政诉讼或民事诉讼要求撤销或变更。
侵犯合法权益时的救济：
- 如果事业单位的制度侵犯了您的合法权益（如劳动权、财产权等），您可以通过其他法律途径来维护自己的权益。
- 具体途径：例如，如果制度违反了劳动法规定，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；如果制度侵犯了您的财产权，您可以考虑通过民事诉讼来寻求赔偿。
二、事业单位制度与法律法规的冲突
制度违法时的处理：
- 如果事业单位的制度与法律法规相冲突，该制度在法律上是无效的。但无效并不意味着您可以直接向法院起诉要求撤销该制度。
- 实际操作：在实践中，您可以通过向相关部门（如上级主管部门、监察机关等）反映情况，要求相关部门对事业单位的制度进行审查并纠正。
提起行政诉讼的例外：
- 在极少数情况下，如果事业单位的制度被认定为具有外部效力（即对外部人员产生实际影响），且该制度违反了法律法规，您可能可以考虑提起行政诉讼。但这种情况非常特殊，需要具体分析。
- 法律要点：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，行政诉讼的被告通常是行政机关或法律、法规、规章授权的组织。事业单位一般不属于行政诉讼的被告范围，除非其行使了法律、法规、规章授权的行政权力。
三、建议与注意事项
收集证据：
- 如果您认为事业单位的制度侵犯了您的合法权益，首先应当收集相关证据，如制度文本、您的权益受损情况等。
咨询专业意见：
- 在采取法律行动之前，建议您咨询专业律师或法律机构，以了解您的具体权益和可行的法律途径。
注意诉讼时效：
- 如果您决定通过法律途径维护自己的权益，请注意诉讼时效的问题。不同的法律途径有不同的诉讼时效规定，逾期可能会丧失胜诉权。
总结与进一步思考：对事业单位制定的不合理制度，一般不能直接向法院起诉要求撤销或变更。但若该制度侵犯了您的合法权益，您可以通过其他法律途径来维护自己的权益。在处理这类问题时，建议您收集证据、咨询专业意见，并注意诉讼时效的问题。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。