结论：公司未按时发工资与所签订的合伙人协议是否有效是两个独立的问题，合伙人协议的效力需根据其签订情况判断，而公司未按时发工资则涉及劳动法相关规定。以下从这两个方面进行详细分析：
合伙人协议的效力
协议签订情况：
- 如果合伙人协议是双方真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。
- 合伙人协议的有效性并不直接受公司是否按时发工资的影响。即使公司未按时发工资，只要协议本身符合上述条件，它仍然是有效的。
协议内容：
- 合伙人协议应明确双方的权利和义务，包括出资方式、利润分配、亏损承担、合伙期限等关键条款。
- 如果协议中存在模糊不清或违反法律规定的条款，可能会影响协议的整体效力或特定条款的效力。
公司未按时发工资的法律后果
劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 如果公司未按时发工资，劳动者有权要求公司支付拖欠的工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金，具体取决于拖欠工资的情节和劳动者的选择。
劳动者权益保护：
- 劳动者在面对公司未按时发工资的情况时，可以首先与公司协商解决。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综合建议
对于合伙人协议：
- 如果您对合伙人协议的效力有疑问，建议仔细审查协议内容，确保所有条款均符合法律规定。
- 如有必要，可以咨询专业律师对协议进行法律审查，以确保您的权益得到充分保护。
对于公司未按时发工资：
- 您应首先与公司沟通，了解拖欠工资的原因，并要求公司尽快支付。
- 如果公司拒绝支付或拖延支付，您可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在此过程中，保留好相关证据（如工资条、劳动合同、沟通记录等）以支持您的主张。
进一步思考：在处理此类问题时，您还需要考虑公司未按时发工资是否构成根本违约，以及这是否会影响您作为合伙人的地位和权益。如果公司长期拖欠工资且经营状况不佳，您可能需要重新评估与公司的合作关系，并考虑采取进一步的法律措施来保护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。