公司只签了合伙人协议，该协议在符合法定条件时是有效的。以下从多个角度进行分析：
一、合伙人协议的效力基础
合伙人协议是合伙人之间就共同出资、共同经营、共享收益、共担风险等事项达成的协议。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，只要合伙人协议是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且不存在欺诈、胁迫等情形，该协议就是有效的。
二、合伙人协议与公司章程的关系
公司章程的法定性：对于有限责任公司或股份有限公司而言，公司章程是公司设立的必备文件，具有法定性。公司章程规定了公司的名称、住所、经营范围、注册资本、股东的姓名或名称、股东的出资方式、出资额和出资时间、公司的机构及其产生办法、职权、议事规则等重要事项。
合伙人协议与公司章程的独立性：合伙人协议主要规范合伙人之间的权利义务关系，而公司章程则规范公司、股东、董事、监事、高级管理人员等之间的权利义务关系。两者在内容上可能有所重叠，但各自具有独立的法律效力。即使公司只签了合伙人协议而未制定公司章程（在实际情况中，这通常是不可能的，因为设立公司必须制定公司章程），只要合伙人协议符合法定条件，它仍然在合伙人之间产生法律效力。然而，从公司治理和对外公示的角度来看，公司章程是不可或缺的。
合伙人协议与公司章程的协调：在实际操作中，为了避免法律纠纷和内部矛盾，建议合伙人在设立公司时，既签订合伙人协议以明确合伙人之间的权利义务关系，又制定公司章程以规范公司的组织和行为。如果合伙人协议与公司章程在内容上存在冲突，应以公司章程为准，因为公司章程是公司对外公示的法律文件，具有更高的法律效力。
三、合伙人协议可能存在的法律风险及防范
协议内容不完整或不明确：可能导致合伙人之间的权利义务关系不明确，引发纠纷。防范措施：在签订合伙人协议时，应尽可能详细地规定各方的权利义务、出资方式、出资额、利润分配、亏损承担、入伙退伙等事项。
协议违反法律法规：可能导致协议无效或部分无效。防范措施：在签订合伙人协议前，应咨询专业律师，确保协议内容符合法律法规的规定。
协议未履行或未完全履行：可能导致一方或多方违约，引发法律纠纷。防范措施：在协议中明确约定违约责任和争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
四、实际操作建议
在设立公司时，务必同时签订合伙人协议和制定公司章程，以明确各方权利义务关系，规范公司组织和行为。
在签订合伙人协议前，应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规。
在协议履行过程中，应严格按照协议约定履行各自义务，避免违约行为的发生。
如遇法律纠纷或争议，应及时咨询专业律师，寻求法律帮助和解决方案。
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