结论：合同盖部门公章而发票开总局，这种做法是否可行需要分情况讨论，主要取决于合同主体、发票开具的合规性以及税务管理要求等因素。具体分析如下：

1. 合同主体与盖章问题
   合同盖章的核心目的是确认合同主体身份及合同效力。若部门是独立法人或经授权可对外签订合同（如分公司、项目部等），则盖部门公章具有法律效力；但若部门仅为内部机构（如财务部、市场部），通常不具备独立对外签约资格，此时盖部门公章可能导致合同效力争议。
   建议：签订合同前需明确部门是否具备签约权限，必要时应加盖公司公章或合同专用章，并附上授权文件。

2. 发票开具的合规性
   发票的开具需与实际交易主体一致。若合同主体是部门（如分公司），且该部门在税务机关登记为独立纳税主体（如独立核算的分公司），则发票可开具给该部门（即“总局”可能指其上级单位或汇总纳税的总机构，但需明确交易实际主体）；但若合同主体是公司整体，而发票仅开具给“总局”（未体现实际交易方），则可能涉嫌虚开发票或交易主体不匹配，面临税务风险。
   关键点：发票上的“购货方”名称必须与合同主体、付款方一致，否则可能被认定为“三流不一致”（资金流、货物流、发票流），引发税务稽查。

3. 税务管理要求
   若部门与“总局”存在汇总纳税关系（如总公司与分公司），且交易实质是内部调拨或代收代付，需按税务机关要求提供内部结算凭证或备案材料，否则仅凭部门公章合同和总局发票可能无法通过税务核查。
   风险：若未按规定处理，可能被要求补缴税款、滞纳金，甚至面临罚款。

综合建议：

• 明确合同主体与盖章权限，避免使用无签约资格的部门公章；
  
• 确保发票开具与实际交易主体一致，保留资金往来、物流等证明材料；
  
• 若涉及内部调拨或汇总纳税，提前咨询税务机关并完善备案手续。
  

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