保固期结束后，因未申请而拒付保固金是否有效，需分情况讨论，结论如下：

1. 若合同明确约定“保固金支付以申请为前提”
   若合同中明确约定“承包方需在保固期结束前提交书面申请，否则发包方有权拒付保固金”，且该条款不违反法律强制性规定（如《民法典》第497条关于格式条款无效的情形），则发包方拒付行为可能被认定为有效。
   关键点：需审查合同条款是否清晰、双方是否对条款达成合意（如承包方签字确认）、条款是否显失公平（如申请程序过于复杂或期限过短）。

2. 若合同未约定申请程序，或约定不明
   根据《民法典》第510条，合同生效后未约定或约定不明的事项，可协议补充；不能达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。若保固金支付义务与保固期结束直接关联（如“保固期满后X日内支付”），发包方以“未申请”为由拒付可能缺乏法律依据，需承担支付责任。
   例外情形：若承包方未履行保固义务（如未修复缺陷），发包方可依据《民法典》第577条主张同时履行抗辩权或先履行抗辩权，但需举证证明缺陷存在且承包方拒不修复。

3. 若发包方未履行提示义务（针对格式条款）
   若“申请程序”条款属于发包方预先拟定、重复使用的格式条款，且发包方未采取合理方式提示承包方注意（如加粗、口头说明），承包方可依据《民法典》第496条主张该条款不成为合同内容，发包方拒付行为无效。

实务建议：

• 对承包方：保留保固期内的维修记录、沟通函件等证据，证明已履行保固义务；若合同未约定申请程序，可主动发函催告发包方支付，并留存送达证据。
  
• 对发包方：若希望以申请为支付前提，需在合同中明确约定申请方式、期限及后果，并在签约时向承包方充分说明；保固期内发现缺陷时，及时书面通知承包方修复，避免因自身怠于通知导致抗辩权丧失。
  

如需进一步分析合同条款或证据材料，可提供具体信息，我将结合细节为您梳理法律风险。