结论：判决书已判决款项申请执行已超期，一般情况下不能重新起诉，但存在特殊情形可考虑申请恢复执行或通过其他法律途径解决。
分析说明：
执行期限与重新起诉的关系：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。这意味着，如果判决书已判决款项的申请执行期限已经超过二年，且没有发生时效中止或中断的情形，那么申请执行的权利将丧失。
- 在此情况下，一般不能重新起诉。因为判决书已经对双方的权利义务作出了明确判定，重新起诉将违反“一事不再理”的原则，即同一案件已经经过法院审理并作出判决，当事人不得就同一事实和理由再次向法院提起诉讼。
特殊情形的处理：
- 申请恢复执行：如果申请执行期限已经超过，但存在时效中止或中断的情形（如债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务等），债权人可以尝试向法院申请恢复执行。这需要提供充分的证据证明时效的中止或中断。
- 其他法律途径：如果确实无法通过执行程序实现债权，债权人还可以考虑通过其他法律途径解决，如与债务人协商达成和解协议、通过仲裁程序解决争议（如果双方有仲裁协议）等。
法律建议：
- 及时行动：如果发现申请执行期限即将届满或已经届满，但存在时效中止或中断的情形，应尽快向法院申请恢复执行，以免丧失权利。
- 证据收集：在申请恢复执行时，应提供充分的证据证明时效的中止或中断，如书面催款通知、债务人同意履行的书面承诺等。
- 咨询专业律师：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议债权人在处理此类问题时咨询专业律师，以确保自身权益得到最大程度的保护。
可能后果：
- 如果未能在申请执行期限内提出申请，且不存在时效中止或中断的情形，债权人将丧失通过执行程序实现债权的权利。
- 如果错误地认为可以重新起诉并提起诉讼，法院可能会以“一事不再理”为由驳回起诉，导致债权人浪费时间和精力。
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