结论：在司法实践中，若被执行人是另一个案件的申请执行人，截留案款的行为通常需要有明确的法律依据或法院裁定作为支撑，否则可能构成违法行为。以下从法律依据、法院裁定及实际操作中的注意事项三个角度进行详细分析。
法律依据：
- 《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定：虽然该法并未直接规定被执行人作为另一案件申请执行人时案款的截留问题，但其中关于执行程序、财产保全、先予执行等条款为处理此类情况提供了法律框架。例如，在执行过程中，若发现被执行人有其他到期债权，法院可以依法向第三人发出履行到期债务的通知，这间接涉及到了案款的流转与截留问题。然而，直接截留案款仍需法院的具体裁定或法律另有特别规定。
- 特定法律或司法解释的直接规定：在某些特定情况下，如涉及赡养费、抚养费、抚育费等案件，法律或司法解释可能明确规定了可以截留被执行人在其他案件中的案款以保障弱势群体的权益。但这种情况属于特例，需严格依据具体法律条文执行。
法院裁定：
- 执行裁定：在执行过程中，若法院认为有必要截留被执行人在另一案件中的案款，通常会作出相应的执行裁定。该裁定会明确截留的金额、期限、用途等关键信息，并作为执行依据。
- 协助执行通知：法院在执行过程中，可能会向相关单位（如银行、其他法院等）发出协助执行通知，要求其协助截留、划拨被执行人的案款。这种通知同样具有法律效力，相关单位必须予以配合。
实际操作中的注意事项：
- 严格依法行事：无论是法院还是执行机构，在截留案款时都必须严格遵守法律法规的规定，确保程序的合法性和正当性。
- 保障当事人权益：在截留案款的过程中，应充分保障被执行人和其他相关当事人的合法权益，避免因操作不当而引发新的纠纷。
- 及时沟通与协调：若涉及多个案件或多个法院之间的协作，应及时进行沟通与协调，确保案款的截留与分配能够顺利进行。
法律建议：若您面临被执行人是另一个案件申请执行人且需要截留案款的情况，建议您首先咨询专业律师，了解具体的法律依据和操作流程。同时，积极与法院沟通，提供必要的证据和材料，以支持您的请求。在操作过程中，务必遵守法律法规的规定，确保程序的合法性和正当性。
可能的法律后果：若未经法院裁定或法律另有规定而擅自截留案款，可能构成违法行为，面临法律制裁。因此，在处理此类情况时，务必谨慎行事，确保每一步都符合法律法规的要求。