建设工程有限公司使用无牌无证农用车运输是违法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 道路交通安全法规角度：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车上路行驶必须悬挂机动车号牌，并随车携带机动车行驶证。无牌无证车辆上路，不仅违反了这一基本规定，还可能因车辆未经过正规检验、保险等程序，存在严重的安全隐患。
   • 对于无牌无证车辆上路，交通管理部门有权进行查处，包括扣留车辆、罚款、甚至拘留驾驶人等处罚措施。

2. 建设工程安全管理角度：

   • 建设工程有限公司作为施工单位，有责任确保施工现场及运输过程中的安全。使用无牌无证农用车进行运输，不仅违反了道路交通安全法规，也违反了建设工程安全管理的相关规定。
   • 如果因使用无牌无证车辆导致交通事故或安全事故，施工单位将承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

3. 合同与责任角度：

   • 如果建设工程有限公司与运输方签订了运输合同，合同中通常会明确规定运输车辆应符合的道路交通安全法规要求。使用无牌无证车辆进行运输，将构成违约行为，施工单位可能因此承担违约责任。
   • 同时，如果因运输车辆问题导致第三方受损，施工单位也可能因未尽到合理审查义务而承担连带责任。

4. 实际操作与风险防控角度：

   • 从实际操作层面来看，使用无牌无证车辆进行运输存在诸多风险，如车辆故障、交通事故等，这些风险不仅可能影响施工进度，还可能对施工单位声誉造成负面影响。
   • 为了防控这些风险，施工单位应严格审查运输车辆资质，确保所有运输车辆均符合道路交通安全法规要求，并定期进行安全检查和维护。

建议：

• 建设工程有限公司应立即停止使用无牌无证农用车进行运输的行为，并尽快对现有运输车辆进行合规性审查。
• 加强与运输方的沟通与合作，确保所有运输车辆均具备合法资质和良好安全性能。
• 定期对运输车辆进行安全检查和维护，确保运输过程中的安全。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。