针对“招标有问题但工程已竣工，法院会如何处理”这一问题，核心结论需结合招标问题的性质、工程竣工后的法律状态及双方权益综合判断。以下是具体分析：

1. 若招标问题构成“重大违法”或“根本性违约”
   若招标过程中存在串通投标、弄虚作假骗取中标、行贿等违法行为（依据《招标投标法》第53条），或招标文件明确约定“中标无效”情形（如未满足资质要求），即使工程已竣工，法院仍可能认定中标无效。此时处理方式包括：

   • 合同效力：中标合同自始无效（《民法典》第153条），双方需按实际履行情况结算工程款（如按实际成本+合理利润）；
     
   • 责任承担：违法方需赔偿对方损失（如工期延误损失、质量修复费用），若涉及行政违法，还可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）；
     
   • 工程处置：若工程质量合格，发包人仍需支付工程款，但承包人可能因违法中标丧失优先受偿权（《民法典》第807条）。

2. 若招标问题属于“程序瑕疵”但未影响公平性
   若招标程序存在轻微违规（如未按规定发布公告、评标委员会组成不合法），但未实质损害其他投标人权益或导致中标结果不公，法院可能认定中标有效。此时处理方式包括：

   • 合同效力：中标合同有效，双方需按合同约定履行义务；
     
   • 程序补正：法院可能要求招标人补正程序瑕疵（如补发中标通知书、公示结果），但不影响工程款结算；
     
   • 责任豁免：若承包人无过错，发包人不得以程序瑕疵为由拒付工程款或主张违约责任。

3. 若工程已竣工且质量合格，但招标问题导致合同条款显失公平
   若招标文件或合同中存在“霸王条款”（如固定总价过低、风险分配不合理），且承包人能证明招标过程中存在胁迫、欺诈或显失公平情形（《民法典》第151条），法院可能支持承包人主张变更或撤销合同条款。此时处理方式包括：

   • 合同调整：法院可根据实际成本、市场行情调整工程价款；
     
   • 损失赔偿：若因招标问题导致承包人额外支出（如材料涨价、设计变更），发包人需补偿差额；
     
   • 优先受偿权：承包人仍可主张建设工程价款优先受偿权，但需在法定期限内行使（《民法典》第807条）。

实务建议：

• 发包人：若发现招标问题，应在工程竣工前主张权利（如提出异议、申请仲裁/诉讼），否则可能因“默示接受”丧失救济机会；
  
• 承包人：若因招标问题遭受损失，需保留证据（如招标文件、投标记录、沟通函件），并在竣工后1年内主张工程款或赔偿；
  
• 共同注意：无论招标是否有效，工程质量合格是支付工程款的前提，双方均需配合竣工验收和结算程序。
  

如有具体案件细节（如招标问题类型、合同条款、工程现状等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性方案。