结论：公司进项和出项的重量不对，处理不好确实可能涉及违法问题，具体取决于重量差异的原因、性质以及公司的处理方式。以下从多个角度进行分析：
一、可能涉及的违法行为
偷税漏税：
- 如果公司故意隐瞒或虚报进项和出项的重量，以减少应纳税额，这可能构成偷税漏税行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，纳税人必须如实申报纳税，不得隐瞒、虚报或伪造纳税资料。
欺诈行为：
- 如果公司通过篡改进项和出项的重量数据，欺骗客户或合作伙伴，以获取不正当利益，这可能构成欺诈行为。欺诈行为不仅违反了商业道德，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中的诈骗罪等相关规定。
违反行业规定或合同约定：
- 某些行业或合同可能对进项和出项的重量有明确规定或约定。如果公司违反这些规定或约定，可能面临行业处罚或合同违约责任。
二、法律后果
行政处罚：
- 对于偷税漏税行为，税务机关可以依法对公司进行税务稽查，并要求补缴税款、滞纳金和罚款。情节严重的，还可能面临吊销营业执照等行政处罚。
刑事责任：
- 如果公司的行为构成犯罪，如诈骗罪等，将依法追究刑事责任。根据犯罪情节的严重程度，公司及其相关责任人员可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
民事赔偿：
- 如果公司的行为给客户或合作伙伴造成损失，还可能面临民事赔偿的责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公司应当承担因其过错行为给对方造成的损失。
三、建议处理方式
立即自查：
- 公司应立即对进项和出项的重量进行自查，核实差异的原因。如果是由于管理疏忽或技术错误导致的差异，应及时纠正并采取措施防止类似情况再次发生。
主动申报：
- 如果发现存在偷税漏税等违法行为，公司应主动向税务机关申报并补缴税款、滞纳金和罚款。主动申报可以减轻公司的法律责任，并展示公司的诚信态度。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，建立健全的财务和物流管理制度。通过加强培训、提高员工素质、完善监督机制等措施，确保进项和出项的重量数据准确无误。
寻求法律帮助：
- 如果公司对进项和出项的重量差异处理存在疑问或担忧，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据公司的具体情况提供法律意见和建议，帮助公司合法合规地处理相关问题。
进一步思考：公司进项和出项的重量差异问题不仅涉及法律风险，还可能影响公司的声誉和长期发展。因此，公司应高度重视此类问题，加强内部管理，确保业务操作的合法合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。