针对您提出的“自动离职或者老板主动辞退，不退执业药师注册证怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，执业药师注册证是执业药师的重要执业凭证，其归属权应属于执业药师本人，而非执业单位。在自动离职或被老板主动辞退的情况下，如果执业单位拒绝退还您的执业药师注册证，这是不合理的行为。
解决步骤：
与执业单位沟通：
- 您可以首先尝试与执业单位进行友好沟通，明确表达您需要取回执业药师注册证的意愿，并了解他们拒绝退还的具体原因。
- 在沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的争执，以便更好地解决问题。
了解相关法律法规：
- 您可以查阅《执业药师注册管理办法》等相关法律法规，了解执业药师注册证的管理规定和归属权问题。
- 根据法律法规，执业药师注册证应归执业药师本人所有，执业单位无权扣留。
向相关部门投诉：
- 如果与执业单位沟通无果，您可以向当地的市场监管部门（如药品监督管理局）或劳动监察部门投诉。
- 投诉时，提供详细的证据材料，如离职证明、与执业单位的沟通记录等，以便相关部门能够更好地了解情况并作出处理。
寻求法律援助：
- 如果问题依然无法解决，您可以考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 可以咨询律师或法律援助机构，了解具体的法律程序和维权方式。
额外建议：
- 在离职前，最好与执业单位就执业药师注册证的退还问题达成书面协议，以避免后续纠纷。
- 保留好所有与执业单位沟通的记录和相关证据材料，以便在需要时提供证明。
- 关注当地市场监管部门或劳动监察部门的官方网站或公告，了解相关政策法规的更新和变化。
案例参考：
虽然您提供的参考信息中并未直接涉及执业药师注册证退还的问题，但有一个类似案例可以借鉴：贾女士在离职后，因药店长时间未更换店内执业药师证而影响了自己的择业。她通过政务服务便民热线反映问题后，得到了相关部门的重视和协调处理，最终药店负责人表示愿意赔偿贾女士的损失。这个案例说明，通过正规渠道反映问题并寻求帮助是有效的解决方式。
综上所述，如果执业单位在您自动离职或被辞退后拒绝退还执业药师注册证，您可以通过与执业单位沟通、了解相关法律法规、向相关部门投诉或寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。