结论：国有土地上房屋征收协议主体不存在时，所签订的协议一般是无效的。不过，具体还需根据实际情况来判断协议是否可能因其他因素而被认定为有效或部分有效。以下从不同角度进行分析：
一、协议主体不存在的法律后果
合同无效的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同的成立需要满足主体适格、意思表示真实、内容合法等条件。若协议主体不存在，即合同的一方或双方并非法律上的民事主体（如未依法登记的组织、虚构的主体等），则该合同因主体不适格而无效。
国有土地上房屋征收的特殊性：
- 在国有土地上房屋征收中，征收协议通常是由征收部门（如政府或其指定的部门）与被征收人签订的。若征收部门或被征收人中的任何一方不存在或不具备签订协议的主体资格，则该征收协议无效。例如，若征收部门未经授权或超越权限签订协议，或被征收人并非房屋的合法所有权人，则协议可能因主体不适格而无效。
二、可能影响协议效力的其他因素
表见代理或表见代表：
- 在某些情况下，即使协议主体在形式上不存在或不具备主体资格，但若其行为构成表见代理或表见代表，即相对人有理由相信行为人有权代表或代理签订协议，且该行为并未违反法律、行政法规的强制性规定，则协议可能因表见代理或表见代表而有效。不过，这种情况在国有土地上房屋征收中较为罕见，且需要严格的法律构成要件。
事后追认或补正：
- 若协议签订后，原本不具备主体资格的一方获得了相应的主体资格（如未依法登记的组织完成了登记手续），或得到了有权主体的追认（如政府事后对未经授权签订的协议进行了确认），则协议可能因事后追认或补正而有效。不过，这种情况也需要满足一定的法律条件，且并非所有无效协议都能通过事后追认或补正来挽救。
三、法律建议
审查协议主体资格：
- 在签订国有土地上房屋征收协议前，双方应仔细审查对方的主体资格，确保对方具备签订协议的法律能力和权限。对于征收部门而言，应确认其是否经过合法授权；对于被征收人而言，应确认其是否为房屋的合法所有权人或有权处分人。
寻求法律帮助：
- 若对协议主体的资格或协议的效力存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便获得准确的法律意见和帮助。律师可以根据具体情况分析协议的效力，并提供相应的法律建议或解决方案。
注意保留证据：
- 在签订和履行协议过程中，双方应注意保留相关证据，如协议文本、授权委托书、身份证明等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用，有助于维护双方的合法权益。
总结：国有土地上房屋征收协议主体不存在时，所签订的协议一般是无效的。不过，具体还需根据实际情况来判断协议是否可能因其他因素而被认定为有效或部分有效。在签订和履行协议过程中，双方应仔细审查对方的主体资格，注意保留相关证据，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。