公司规定加班两年是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
加班时间的合法性：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
- 如果公司规定的加班时间超出了上述法定标准，那么该规定显然是不合法的。例如，若公司要求员工每月加班超过36小时，或者每日加班超过3小时（特殊情况除外），则违反了法律规定。
加班补偿的合法性：
- 加班应当给予相应的补偿，这通常包括加班费或者调休。根据《劳动法》的规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果公司虽然规定了加班，但未按照法律规定支付加班费或者提供调休，那么该规定在补偿方面也是不合法的。
公司规定的程序合法性：
- 除了加班时间和补偿外，公司规定的加班制度还需要经过合法的程序制定和公布。例如，公司应当与工会或者职工代表进行协商，制定加班制度，并将该制度告知全体员工。如果公司未经协商或者未告知员工就擅自实施加班制度，那么该制度在程序上也是不合法的。
特殊情况下的加班规定：
- 在某些特殊情况下，如发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的，或者生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的，以及法律、行政法规规定的其他情形，用人单位可以不受上述加班时间和补偿的限制。但即便如此，也需要确保劳动者的身体健康和合法权益不受侵害。
建议：
- 对于员工而言，如果公司规定的加班制度存在上述不合法之处，可以向公司提出异议，要求公司改正。如果公司不予理会，可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应当严格遵守法律规定，制定合法的加班制度，并确保该制度得到员工的认可和执行。同时，公司也应当关注员工的身体健康和合法权益，避免过度加班对员工造成损害。
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