在保险代位案件中，若被告对车损提出异议，通常应由被告承担申请鉴定的责任，但具体需结合案件情况判断。以下分情况详细说明：

1. 被告对车损金额或项目提出异议时
   根据《民事诉讼法》及保险代位求偿权相关司法实践，被告若主张保险人主张的车损金额过高、维修项目不合理或存在虚假维修等情形，应由被告承担举证责任。此时被告需主动申请司法鉴定，以证明其抗辩主张的合理性。若被告未申请鉴定，法院可能直接采纳保险人提交的定损报告作为认定依据。

2. 保险人已提供充分定损证据时
   若保险人已通过公估报告、维修清单、照片等证据证明车损金额，且被告仅口头否认但未提供反证，法院可能驳回被告的异议，无需启动鉴定程序。但若被告能提供初步证据（如维修厂资质存疑、报价明显偏离市场价等），法院可能要求保险人补充证据或依职权委托鉴定。

3. 双方对车损成因存在争议时
   若争议焦点在于事故是否导致保险人主张的损失（如旧损冒充新损），法院可能依职权或根据一方申请委托鉴定，以查明车损与事故的因果关系。此时申请方不限于被告，保险人也可主动申请以强化证据效力。

实务建议：

• 被告应尽早提出书面异议并附初步证据（如市场报价、维修厂资质等），避免因未及时申请鉴定而承担不利后果；
  
• 保险人需确保定损程序合法（如及时定损、通知被告参与等），并保留完整证据链；
  
• 法院委托鉴定时，双方均有权参与鉴定机构选择程序，并可申请鉴定人出庭接受质询。
  

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