结论：在欠条中违约金已经算好的情况下，你仍然可以和原告进行协商，这并不违反法律规定，且协商的结果可能会对双方都有利。
详细分析：
协商的合法性：
- 根据一般的法律原则，民事主体之间有权在平等、自愿的基础上进行协商，以达成对双方都有利的协议。在欠条中，即使违约金已经明确算好，这并不妨碍双方就违约金的数额、支付方式或其他相关事宜进行进一步的协商。
- 协商的结果，如果双方达成一致，可以形成新的协议或补充协议，该协议在双方签字或盖章后即具有法律效力。
协商的益处：
- 对被告（欠款方）：通过协商，可能有机会降低违约金的数额或延长支付期限，从而减轻经济压力。
- 对原告（债权方）：协商可能带来更快的资金回笼，避免长时间的诉讼过程，同时也有助于维护与欠款方的良好关系，为未来的合作留下可能性。
协商的注意事项：
- 诚信原则：在协商过程中，双方应秉持诚信原则，如实陈述自己的情况和意愿，不得隐瞒或欺骗。
- 书面记录：为了确保协商结果的明确性和可执行性，建议将协商的内容以书面形式记录下来，并由双方签字或盖章确认。
- 法律合规：协商的内容不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被视为无效协议。
协商不成的后果：
- 如果双方无法就违约金的数额或其他相关事宜达成一致，那么原告仍然有权依据欠条中的约定向法院提起诉讼，要求被告支付违约金。
- 在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，对违约金的数额进行裁决。
建议：
- 如果你作为欠款方，认为欠条中的违约金数额过高或支付期限过紧，可以主动与原告进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 在协商过程中，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
- 如果协商不成，应做好应诉准备，积极应对可能的诉讼风险。
示例：
假设你因生意周转需要向张三借款10万元，并出具了欠条，约定违约金为每日千分之一。后来，由于生意不顺，你无法按时还款。此时，你可以主动与张三联系，说明自己的困难情况，并提出降低违约金数额或延长支付期限的请求。如果张三同意，双方可以签订补充协议，明确新的违约金数额和支付期限。如果张三不同意，你则需要按照欠条中的约定承担违约责任，或者等待张三向法院提起诉讼。在任何情况下，都建议你保持与张三的沟通，并寻求专业律师的帮助。