占用农民土地挖沟埋下水管子并损坏青苗的赔偿问题，主要由造成损害的单位或个人负责赔偿，具体负责部门或赔偿主体需根据实际情况确定，但通常涉及以下几个方面的考量：

1. 侵权责任主体：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在此情况下，占用农民土地并损坏青苗的行为，若是由某个单位或个人直接实施，那么该单位或个人就是侵权责任主体，应负责赔偿农民的损失。

2. 赔偿协商与调解：

   • 在确定侵权责任主体后，双方可以首先尝试通过协商或调解的方式解决赔偿问题。这可以是在当地村委会、乡镇政府或相关部门的协助下进行，以达成一个双方都能接受的赔偿协议。

3. 政府部门的角色：

   • 虽然政府部门不是直接的赔偿主体，但在处理此类纠纷时，它们可以发挥重要的调解和监督作用。例如，乡镇政府或土地管理部门可以介入调查，确认土地占用和青苗损坏的事实，并协助双方进行赔偿协商。
   • 如果侵权行为涉及违法用地或破坏耕地等违法行为，土地管理部门还有权对违法行为进行查处，并要求侵权人恢复土地原状或承担相应的法律责任。

4. 法律途径：

   • 如果协商或调解无果，农民可以通过法律途径来维护自己的权益。这包括向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人赔偿损失。在诉讼过程中，法院将根据事实和法律规定，判决侵权人承担相应的赔偿责任。

针对您的情况，我建议采取以下步骤：

• 收集证据：首先，收集与土地占用和青苗损坏相关的证据，如照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于证明侵权事实和损失程度。
• 与侵权人协商：尝试与直接占用土地并损坏青苗的单位或个人进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
• 寻求政府帮助：如果协商无果，可以向当地乡镇政府或土地管理部门反映情况，请求他们介入调解或协助处理。
• 考虑法律途径：如果政府调解也无果，或者您认为自己的权益受到了严重侵害，可以考虑向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人赔偿损失。

最后，我想强调的是，在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。通过合法途径来维护自己的权益，不仅有助于解决问题，还能避免不必要的冲突和损失。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。