结论：非机动车路线不对但已停止行驶，汽车驾驶人撞上来被判同等责任，超过三日的情况下，若对责任认定有异议，仍可通过合法途径申请复核；若接受责任认定，则需根据责任比例承担相应的赔偿责任。
详细分析：
责任认定的复核：
- 根据《道路交通事故处理程序规定》，当事人对道路交通事故认定有异议的，可以自道路交通事故认定书送达之日起三日内，向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。但超过三日并不意味着完全丧失复核机会，虽然常规复核期限已过，若存在新证据或特殊情况，仍可尝试与交警部门沟通，看是否能启动特殊复核程序或通过其他法律途径解决。不过，这种情况较为特殊，成功概率相对较低。
- 复核申请应当载明复核请求及其理由和主要证据。上一级公安机关交通管理部门自受理复核申请之日起三十日内，会对相关内容进行审查，并作出复核结论。
责任承担与赔偿：
- 若接受责任认定，即双方承担同等责任，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法解释，双方需根据责任比例承担相应的赔偿责任。这通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等因治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。
- 赔偿计算示例（假设总损失为10万元，双方同等责任）：
- 汽车驾驶人需承担：10万元 * 50% = 5万元
- 非机动车方也需承担自身损失的50%，即若其损失也为10万元（假设与汽车驾驶人损失相同，实际情况可能不同），则自行承担5万元，同时可向汽车驾驶人索赔5万元（但汽车驾驶人也可向其索赔5万元，相互抵销后，若不考虑其他因素，双方可能无需实际支付对方款项，但实际情况需根据具体损失和保险情况来确定）。
- 实际赔偿中，通常会先由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，再按照责任比例进行分担。
后续行动建议：
- 若对责任认定有异议：尽快收集相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，并咨询专业律师，看是否能通过复核或其他法律途径来改变责任认定。
- 若接受责任认定：与对方及保险公司沟通，确定赔偿金额和方式。若协商不成，可通过诉讼途径解决。
特别提醒：在处理交通事故时，务必保持冷静，及时收集并保存相关证据，以便在后续的责任认定和赔偿过程中维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。