结论：逾期后是否既要扣违约金又要扣透支利息，需根据具体合同约定和法律规定来判断，一般情况下两者可能同时存在，但具体金额和计算方式要依据合同条款确定。以下是详细分析：
合同约定优先
- 在金融借款合同、信用卡领用合约等合同中，通常会明确约定逾期还款的责任，包括违约金和透支利息的计算方式。如果合同中明确规定逾期后既要收取违约金又要收取透支利息，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么金融机构有权按照合同约定收取。
- 例如，信用卡领用合约中可能会约定，持卡人未在到期还款日前偿还最低还款额的，除按照规定利率支付透支利息外，还需按照最低还款额未还部分的一定比例支付违约金。
法律规定的限制
- 违约金：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但是，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 透支利息：对于金融机构收取的透支利息，应当符合国家有关利率的规定。如果金融机构收取的透支利息过高，可能被认定为高利贷，超出法定利率上限的部分将不受法律保护。
实际案例分析
- 在一些信用卡纠纷案件中，法院通常会根据合同约定和法律规定，对金融机构收取的违约金和透支利息进行审查。如果合同约定合法有效，且金融机构收取的违约金和透支利息未超过法定标准，法院一般会支持金融机构的诉求。
- 但是，如果持卡人能够证明金融机构收取的违约金和透支利息过高，导致其负担过重，法院可能会根据公平原则和诚实信用原则，对违约金和透支利息进行调整。
建议：
- 如果您遇到了逾期后被同时收取违约金和透支利息的情况，建议您先仔细查看合同条款，了解具体的收费标准和计算方式。
- 如果您认为金融机构收取的费用过高或存在不合理之处，可以与金融机构协商解决，或者向相关监管部门投诉。
- 如果协商和投诉无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
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