结论：可以对“房产的实际所有权人为甲方，乙方仅为名义上的登记人”这一情况进行公证，但需注意公证的效力范围及可能存在的法律风险。

详细分析：

1. 公证的可行性：

   • 公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。在您所描述的情况下，如果甲方和乙方能够就房产的实际所有权归属达成一致，并愿意通过公证来确认这一事实，那么是可以进行公证的。
   • 公证时，双方需要准备相关的身份证明、房产证明以及能够证明实际所有权归属的证据材料，如购房合同、付款凭证、协议书等。公证机构会对这些材料进行审查，并询问双方当事人的意愿，确认无误后出具公证书。

2. 公证的效力范围：

   • 公证书具有法律上的证明力，可以在一定程度上证明房产的实际所有权归属。然而，需要注意的是，公证书的效力并非绝对，它不能直接改变房产的登记状态，也不能对抗善意第三人。
   • 如果房产登记在乙方名下，而乙方未经甲方同意擅自处分房产（如出售、抵押等），那么第三方在不知情的情况下与乙方进行的交易可能仍然有效。此时，甲方虽然可以通过公证书来证明自己的实际所有权，但可能需要通过法律途径来维护自己的权益。

3. 可能存在的法律风险：

   • 登记对抗主义：根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。这意味着，即使甲方是房产的实际所有权人，但如果房产登记在乙方名下，那么乙方在法律上可能被视为房产的所有权人。
   • 第三方权益保护：如果乙方将房产出售或抵押给第三方，且第三方在交易时不知情且支付了合理对价，那么第三方可能构成善意取得，从而获得房产的所有权或抵押权。此时，甲方可能面临无法追回房产或无法行使抵押权的风险。

4. 法律建议：

   • 及时变更登记：为了降低法律风险，建议甲方和乙方尽快办理房产的变更登记手续，将房产登记在甲方名下。这样可以直接确认甲方的所有权地位，避免后续可能出现的纠纷。
   • 签订书面协议：在办理变更登记之前，双方可以签订一份书面协议，明确房产的实际所有权归属以及双方的权利义务。这份协议可以作为公证的附件或补充材料，进一步增强公证的证明力。
   • 咨询专业律师：在处理此类复杂问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助双方制定合理的解决方案。

总结与启示： 虽然可以对“房产的实际所有权人为甲方，乙方仅为名义上的登记人”这一情况进行公证，但公证的效力范围有限，且可能存在法律风险。因此，建议双方及时办理房产的变更登记手续，并签订书面协议以明确权利义务。如有需要，请随时向我咨询房产纠纷领域的法律问题。