核心结论：公务员任职期间在公司持有股份属于违规行为，但可通过主动整改、配合调查、申请豁免或退出股份等方式进行挽救，具体需结合违规情节的严重程度和当地政策规定来处理。以下是详细分析：

1. 明确违规性质，主动整改是关键

根据《中华人民共和国公务员法》第五十九条和《行政机关公务员处分条例》第二十七条，公务员不得“从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务”。若任职期间持有公司股份，无论是否实际参与经营，均构成违规。
挽救措施：

• 立即退出股份：通过股权转让、公司回购等方式彻底退出，并保留书面证据（如股权转让协议、付款凭证等），证明已停止违规行为。
  
• 主动申报并说明情况：向单位纪检监察部门或上级主管部门书面报告，说明持股原因、是否获利及整改措施，争取从轻处理。
  

2. 配合调查，降低处罚风险

若已被纪检监察机关立案调查，需积极配合，避免隐瞒或对抗，否则可能加重处罚。根据《中国共产党纪律处分条例》或《公务员处分条例》，违规情节较轻的（如未获利、主动整改）可能给予警告、记过等处分；情节严重的（如获利巨大、拒不整改）可能面临撤职甚至开除公职。
建议：

• 提前整理持股期间的分红记录、公司经营参与情况等材料，如实向调查人员说明。
  
• 若持股系历史遗留问题（如入职前已持有），需提供入职时的申报材料或单位备案记录，证明非主观故意违规。
  

3. 申请豁免或特殊处理（需符合条件）

极少数情况下，若持股符合特定政策（如科技成果转化、亲属公司代持等），可尝试申请豁免。例如：

• 科技成果转化：根据《促进科技成果转化法》，科研人员可按约定获得股权奖励，但需经单位批准并公示。
  
• 亲属代持：若股份实际为配偶、子女等亲属所有，需提供代持协议、资金来源证明等，证明公务员未实际参与经营或获利。
  注意：此类豁免需严格符合政策条件，且需单位或纪检监察机关认可，成功率较低。
  

4. 退出后的合规建议

即使已退出股份，仍需注意：

• 避免利益冲突：未来不得再参与与原公司相关的业务决策或利益往来。
  
• 定期申报财产：按《领导干部报告个人有关事项规定》，如实申报配偶、子女及其配偶的从业和投资情况。
  

总结：公务员持股的挽救核心是“主动整改+配合调查”，越早处理越能降低风险。若涉及复杂情况（如股份代持、历史遗留问题），建议提供具体细节后进一步分析。