核心结论：分公司负责人借款并加盖分公司章的处理方式需根据借款用途、分公司是否获得总公司授权、借款合同效力等多方面因素综合判断，可能涉及分公司独立承担责任、总公司承担补充责任或总公司直接承担责任等不同情形。以下为具体分析：
- 若分公司获得总公司明确授权，且借款用于分公司正常经营
- 在这种情况下，分公司作为总公司的分支机构，在授权范围内从事民事活动，其法律后果由总公司承受。但由于分公司已获得明确授权，且借款用于分公司正常经营，从维护交易安全和市场秩序的角度出发，一般可以认定借款合同有效。分公司作为合同相对方，应当独立承担还款责任。不过，如果分公司财产不足以清偿债务，总公司需承担补充责任，即当分公司财产不足以支付时，由总公司以其其他财产对剩余债务进行清偿。例如，某建筑总公司授权其分公司为某工程项目借款，分公司以自己名义与出借人签订借款合同并加盖分公司章，借款也实际用于该工程项目，此时分公司应先承担还款责任，不足部分由总公司补充承担。
- 若分公司未获得总公司明确授权，但总公司事后追认
- 即便借款时分公司未获得总公司授权，但如果事后总公司对分公司的借款行为进行了追认，那么借款合同同样有效。追认的方式可以是总公司的书面声明、实际履行还款义务等。一旦总公司追认，处理方式与分公司获得明确授权的情况相同，分公司先独立承担还款责任，总公司承担补充责任。比如，分公司负责人未经总公司同意借款，借款到期后总公司得知情况，向出借人出具书面文件表示愿意承担该笔债务，这就构成了对分公司借款行为的追认。
- 若分公司未获得总公司授权，且总公司不予追认，但出借人善意无过失
- 根据《中华人民共和国民法典》相关规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。在这种情况下，如果出借人在借款时不知道也不应当知道分公司负责人没有代理权，且尽到了合理的审查义务，例如审查了分公司的营业执照、章程等文件，有理由相信分公司负责人有权代表分公司借款，那么借款合同对总公司发生效力，总公司需承担还款责任。例如，分公司负责人在借款时向出借人出示了总公司的授权文件（虽为伪造，但出借人难以辨别真伪），且借款合同上加盖了分公司章，出借人基于合理信赖出借了款项，此时总公司应承担还款责任。
- 若分公司未获得总公司授权，总公司不予追认，且出借人存在过错
- 如果出借人在借款时明知分公司负责人没有代理权，或者应当知道而没有尽到合理的审查义务，存在过错，那么借款合同对总公司不发生效力，应由分公司负责人个人承担还款责任。例如，出借人明知分公司负责人没有总公司的授权，且未对分公司的授权情况进行任何审查，就与分公司负责人签订借款合同并出借款项，此时应由分公司负责人自行承担还款责任。
建议：
- 对于出借人而言，在出借款项前，要仔细审查分公司的授权情况，要求分公司负责人提供总公司的授权文件，并对文件的真实性进行核实；同时，要了解借款的用途，确保借款用于分公司的正常经营活动。
- 对于总公司而言，要加强对分公司的管理，明确分公司的授权范围和权限，避免分公司负责人未经授权对外借款；如果发现分公司负责人擅自借款，要及时采取措施，如向出借人发出声明，表明不予追认等。
- 对于分公司负责人而言，要严格遵守总公司的规定，不得未经授权对外借款；如果因工作需要借款，要按照规定的程序获得总公司的授权。
如果遇到此类问题，你可以进一步向我描述借款的具体情况，如借款金额、借款用途、分公司是否获得授权等，以便我更精准地为你分析和解答。