核心结论：盖有公司财务专用章的借款，其处理方式需根据借款主体、借款用途、公司内部授权情况以及是否构成表见代理等多方面因素综合判断。以下分情况详细说明：
若借款为公司行为，且财务专用章使用合法有效
- 借款合法性确认：首先需确认该借款行为是否为公司真实意思表示，即借款是否用于公司经营需要，且公司内部有相应的借款决策程序（如董事会决议、股东会决议等）。若借款行为符合公司章程及法律法规规定，且财务专用章的使用经过合法授权，则该借款对公司具有约束力，公司应承担还款责任。
- 处理建议：公司应按照借款合同约定的期限和方式履行还款义务。若公司拒绝还款，出借人可依据借款合同及盖有财务专用章的借款凭证，通过法律途径（如诉讼、仲裁）要求公司还款。
若借款为个人行为，但使用了公司财务专用章
- 表见代理的认定：若借款行为虽为个人所为，但出借人有理由相信该行为系公司授权（如借款人持有公司授权委托书、公司曾以类似方式借款等），且出借人善意无过失，则可能构成表见代理。在此情况下，公司仍需承担还款责任，但公司承担责任后，可向实际借款人追偿。
- 非表见代理的处理：若不构成表见代理，则借款行为对公司不产生约束力，公司无需承担还款责任。此时，出借人应向实际借款人主张权利。若实际借款人拒不还款，出借人可通过法律途径追讨。
- 处理建议：对于公司而言，应立即采取措施防止损失扩大，如向公安机关报案、公告声明财务专用章作废等。同时，公司应加强内部管理，完善财务专用章的使用制度，防止类似事件再次发生。对于出借人而言，应仔细审查借款人的身份和授权情况，避免陷入不必要的法律纠纷。
若财务专用章使用存在瑕疵或违法
- 瑕疵或违法的认定：如财务专用章系伪造、变造，或使用人未经公司授权擅自使用等，均构成财务专用章使用瑕疵或违法。
- 处理建议：在此情况下，借款行为对公司不产生约束力，公司无需承担还款责任。但公司应积极配合出借人及司法机关调查取证，查明事实真相。同时，公司应追究相关责任人的法律责任，以维护公司合法权益。对于出借人而言，若因财务专用章使用瑕疵或违法导致借款无法追回，可向实际借款人及使用瑕疵或违法财务专用章的责任人主张权利。
总结与提醒：盖有公司财务专用章的借款处理需综合考虑多方面因素。为避免法律纠纷和损失扩大，建议公司在日常经营中加强财务专用章的管理和使用审批制度；出借人在出借款项时应仔细审查借款人的身份和授权情况，并保留好相关证据材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。