员工定位跟踪系统的合法性并非一概而论，而是需要根据具体的使用场景、目的以及是否遵循相关法律法规来综合判断。

首先，从公司管理和考勤的角度来看，在合理且必要的情况下，公司要求员工使用定位系统进行考勤打卡是具有一定的合理性与合法性的。例如，当员工被外派到外地执行公司任务时，公司无法进行现场监督，此时通过定位系统来确认员工的位置和考勤情况，既是对员工的一种监督，也是员工恪守岗位的证明。但这种情况下，公司应当事先进行公示，明确告知员工定位系统的使用目的、方式和范围，并确保定位数据仅用于考勤管理，不泄露给第三方或用于其他非法目的。

然而，如果定位跟踪系统的使用超出了合理范围，或者侵犯了员工的个人隐私权，那么这种行为就是违法的。个人隐私权是公民的基本权利之一，受到法律的保护。任何组织或个人都不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息，不得非法买卖、提供或者公开他人个人信息。如果公司未经员工同意，擅自在其个人设备上安装定位软件，或者将定位数据用于非考勤管理的其他目的，如监控员工的私人活动、泄露给第三方等，那么这种行为就构成了对员工个人隐私权的侵犯，是违法的。

此外，如果定位跟踪系统的使用涉及到非法跟踪、偷拍等行为，那么这种行为不仅违法，还可能构成犯罪。例如，一些“私家侦探”通过安装定位器、跟踪、偷拍等手段获取目标人员的行动轨迹和活动情况，并将这些信息提供给客户，这种行为就涉嫌侵犯公民个人信息罪，会受到法律的严厉制裁。

总结来看，员工定位跟踪系统的合法性取决于具体的使用场景和目的。在合理且必要的情况下，如用于考勤管理且事先告知员工并获得同意，那么这种行为是合法的；但如果超出了合理范围或侵犯了员工的个人隐私权，或者涉及到非法跟踪、偷拍等行为，那么这种行为就是违法的。因此，公司在使用定位跟踪系统时，应当严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵犯。