公司通过APP定位员工轨迹的合法性并非绝对，而是取决于是否满足以下条件：
员工同意是前提：
- 公司必须事先明确告知员工将通过APP定位其轨迹，并获得员工的明确同意。这种同意应当是自愿、真实且可追溯的，比如通过书面形式或电子确认方式。若公司未经员工同意擅自定位，则侵犯了员工的隐私权，属于违法行为。
定位目的需合理：
- 定位行为必须出于合理的工作目的，如保障员工安全、提高业务运营效率等。例如，在需要员工外出执行任务或进行野外作业的场景中，定位员工轨迹有助于确保工作顺利进行和员工安全。然而，如果定位目的与工作无关，如用于个人监控或非法目的，则定位行为不合法。
信息安全要保障：
- 公司应采取严格的安全措施保护定位信息不被泄露或滥用。这包括限制对定位信息的访问权限、加密存储和传输等。若公司未能妥善保护定位信息，导致信息泄露或被滥用，则可能构成对员工权益的侵犯。
合法情况的具体表现：
- 在员工知情并同意的前提下，公司基于合理的工作目的（如安全管理、业务运营需要）使用APP定位员工轨迹，且采取了必要的信息安全措施，此时定位行为具有明确的合法性基础。
违法情况的判定：
- 未经同意私自定位：若公司在未告知员工或未取得员工同意的情况下擅自通过APP定位员工轨迹，则侵犯了员工的隐私权，属于违法行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，任何组织或个人不得以刺探、侵扰等方式侵害他人的隐私权。
- 超出合理目的使用定位信息：即使获得了员工同意，但如果公司将定位信息用于不合理的目的（如出售给第三方、进行非法监控等），也构成对员工权益的侵犯，同样属于违法行为。
法律建议：
- 公司角度：为确保定位行为的合法性，公司应事先明确告知员工定位的目的、范围和使用方式，并取得员工的书面同意。同时，公司应确保定位行为仅限于合理的工作目的，并避免将定位信息用于不合法或不合理的用途。此外，公司还应采取严格的安全措施保护定位信息的安全性和保密性。
- 员工角度：若员工发现公司未经同意擅自定位其轨迹或滥用定位信息，应及时与公司沟通并要求停止侵权行为。若公司不予理会或侵权行为持续存在，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助以维护自身权益。
总结与提醒：
公司通过APP定位员工轨迹的合法性取决于是否获得了员工的明确同意、是否出于合理的工作目的以及是否采取了必要的信息安全措施。作为公司，应严格遵守相关法律法规和程序要求；作为员工，也应了解自己的权益并学会维护。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。