公司年假扣绩效工资一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《职工带薪年休假条例》以及相关劳动法律法规的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这里的“工资收入”通常应理解为包括基本工资、绩效工资等在内的全部工资性收入，除非用人单位与劳动者在劳动合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。

• 若劳动合同无特别约定：公司无权在职工休年假时扣除绩效工资。因为年假是职工依法享有的休息休假权利，公司应当保障职工在年假期间的工资待遇不受影响。如果公司扣除绩效工资，就侵犯了职工的合法权益，职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
• 若劳动合同有特别约定：这种约定必须明确、合理，且不违反法律法规的强制性规定。例如，如果劳动合同中约定“职工休年假期间，绩效工资按照实际出勤天数计算发放”，且该约定经过了职工的同意，那么公司在职工休年假时按照约定扣除部分绩效工资可能是合法的。但即便如此，公司也应当确保扣除后的工资不低于当地的最低工资标准。

实际操作角度

在实际操作中，一些公司可能会以各种理由扣除职工休年假期间的绩效工资，如“年假期间没有为公司创造价值”、“年假期间的工作表现无法评估”等。然而，这些理由并不能成为公司扣除绩效工资的合法依据。因为年假是职工依法享有的权利，公司应当尊重并保障职工的这一权利，而不是将其作为扣除工资的理由。

建议与后果

• 建议：如果你发现公司在你休年假时扣除了绩效工资，你可以先与公司进行沟通协商，要求公司补发被扣除的工资。如果公司拒绝补发或协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 后果：如果公司违法扣除职工休年假期间的绩效工资，除了需要补发工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。同时，公司的这一行为也可能影响其声誉和员工满意度，对公司的长期发展不利。

综上所述，公司年假扣绩效工资一般是不合法的。如果你遇到这种情况，不要犹豫，及时采取措施维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。