结论前置：员工有正当理由请假而公司不批准时，员工可以采取多种措施来维护自己的合法权益，具体包括与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。

详细分析：

1. 与公司协商：

   • 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确规定公司必须批准所有正当理由的请假，但根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关精神，员工享有休息休假的权利，且公司应尊重并保障员工的合法权益。
   • 操作建议：员工可以先尝试与公司进行友好协商，说明请假的正当理由（如生病、家庭紧急事务等），并提供相关证明材料（如医疗证明、家庭紧急事务的证明等），以争取公司的理解和批准。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 法律依据：根据《劳动保障监察条例》，劳动保障行政部门对用人单位遵守劳动保障法律、法规或者规章的情况进行监察，对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，有权依法予以纠正和处罚。
   • 操作建议：如果公司无正当理由拒绝批准员工的请假申请，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，说明情况并提供相关证据。劳动监察部门将会对公司进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。

3. 申请劳动仲裁：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，员工与用人单位之间因劳动权利义务产生分歧而引起的争议，可以申请劳动仲裁。
   • 操作建议：如果员工认为公司的行为侵犯了其合法权益，且协商和投诉均未能解决问题，员工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，员工需要提交仲裁申请书、相关证据材料等，并按照仲裁委员会的要求参与仲裁程序。仲裁委员会将会根据事实和法律作出裁决，员工和公司都需要遵守裁决结果。

4. 其他注意事项：

   • 保留证据：员工在请假过程中应保留好相关证据，如请假申请、医疗证明、家庭紧急事务的证明等，以备不时之需。
   • 了解公司规章制度：员工在请假前应了解公司的规章制度，确保自己的请假申请符合公司的规定。如果公司的规章制度与法律法规相冲突，员工有权拒绝遵守并寻求法律援助。
   • 及时沟通：员工在请假过程中应与公司保持及时沟通，说明情况并争取公司的理解和支持。如果公司拒绝批准请假申请，员工可以询问具体原因并寻求解决方案。

后续行动建议：

• 如果员工决定采取法律途径维护自己的权益，建议提前咨询专业律师（即我本人，吴洪毅律师，专注于合同纠纷、劳动纠纷等领域），以获取更具体的法律建议和指导。
• 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击公司，以免对自己的权益造成不利影响。

总结：员工有正当理由请假而公司不批准时，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等多种途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保留好相关证据、了解公司规章制度、及时与公司沟通，并在必要时寻求专业律师的帮助。