如果后期对方不配合处理交通事故，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 与对方协商：

   • 首先，尝试与对方进行友好、理性的沟通，了解对方不配合的具体原因，看是否能够通过协商达成一致，比如约定一个双方都能接受的时间去处理事故相关事宜。
   • 在协商过程中，可以明确告知对方其应承担的法律责任和义务，以及不配合处理可能面临的法律后果，如罚款、拘留等。

2. 向交警部门申请调解：

   • 如果协商无果，您可以向负责处理该事故的交警部门提出调解申请。交警部门会根据事故责任认定书和相关法律法规，组织双方进行调解。
   • 调解过程中，交警部门会尽力促使双方达成赔偿协议，并制作调解书。调解书具有法律效力，双方应当履行。

3. 向法院提起诉讼：

   • 如果调解也未能解决问题，或者对方拒绝参加调解，您可以向法院提起民事诉讼，要求对方承担因其主责导致的赔偿责任。
   • 在诉讼过程中，您需要提供事故责任认定书、医疗费用单据、误工证明等相关证据，以证明您的损失和对方的责任。
   • 法院会根据事实和法律规定，作出判决，要求对方赔偿您的损失。如果对方仍不履行判决，您可以申请法院强制执行。

4. 关于车辆被扣的问题：

   • 根据《道路交通安全法》的相关规定，因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，但应当妥善保管，以供核查。
   • 如果对方不配合处理，且车辆被扣时间较长，您可以向交警部门了解车辆被扣的具体原因和期限，并要求交警部门依法处理。
   • 如果车辆被扣无正当理由或超过法定期限，您可以向交警部门的上级机关或同级人民政府申请行政复议，或者向法院提起行政诉讼，要求解除扣留并赔偿因此造成的损失。

在处理此类事故时，您还需要注意以下几点：

• 保留好相关证据：如事故现场照片、视频、证人证言、医疗费用单据等，这些证据在后续协商、调解或诉讼过程中都将起到关键作用。
• 及时了解事故处理进度：与交警部门保持沟通，及时了解事故处理进度和对方的态度，以便及时调整自己的应对策略。
• 遵守法律法规：在处理事故过程中，您应当遵守法律法规，不得采取过激行为或非法手段来维护自己的权益。

如果对方一直不配合处理，且您担心自己的权益无法得到保障，建议您及时咨询并委托专业律师协助处理。作为专注于交通事故赔偿领域的律师，我可以为您提供专业的法律建议和帮助，确保您的合法权益得到有效维护。