结论：关于您提交离职申请12天后想提前走，公司要扣钱并赔偿违约金的问题，这并非一个简单的“扣多少钱”能回答的，需要分情况讨论。
分析：
劳动合同或公司规章制度中的约定：
- 首先，需要查看您的劳动合同或公司的规章制度中是否有关于离职提前通知期以及提前离职的违约金或赔偿金的明确规定。
- 如果合同或制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除相应费用或要求赔偿违约金是合法的。但扣除的金额或赔偿的违约金应当合理，不能过高。
法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律规定的劳动者解除劳动合同的提前通知期。
- 如果您未按照法律规定的提前通知期通知公司，且合同或制度中也没有相关约定，那么公司一般不能直接扣除您的工资或要求赔偿违约金。但公司可能会因此遭受一定的损失，如招聘新员工的费用、工作交接期间的效率损失等，这些损失公司可以尝试通过协商或法律途径向您主张，但需要公司举证证明损失的具体数额。
实际扣除或赔偿的合理性：
- 即使合同或制度中有关于提前离职的违约金或赔偿金的约定，公司实际扣除的金额或要求赔偿的违约金也应当合理。如果扣除的金额过高或赔偿的违约金明显超出公司的实际损失，您有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提出异议，要求调整扣除的金额或赔偿的违约金。
建议：
- 与公司协商：首先，建议您与公司进行协商，了解公司扣除费用或要求赔偿违约金的具体依据和金额，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
- 查看合同和制度：仔细查看您的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于离职提前通知期以及提前离职的违约金或赔偿金的约定。
- 寻求法律帮助：如果您认为公司扣除的费用或要求赔偿的违约金不合理，或者公司拒绝与您协商，您可以向当地的劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
示例计算（假设存在违约金约定）：
- 如果您的劳动合同或公司规章制度中约定，提前离职需支付一个月工资作为违约金，且您的月工资为5000元，那么公司可能要求您支付的违约金为5000元。但请注意，这只是一个假设的示例，实际金额需根据合同或制度中的具体约定以及您的实际工资情况来确定。
最后，劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和事实认定，建议您在处理此类问题时保持冷静，收集好相关证据，并咨询专业律师（即我本人，朱辰律师，专注于劳动纠纷领域）的意见，以便更好地维护自己的合法权益。