结论：合伙人未及时出资，但按照约定份额替合伙企业承担了债务，一般不能直接抵销其出资义务，但具体能否抵销及抵销的方式需根据合伙协议的约定及全体合伙人的协商情况来确定。
分析说明：
出资义务的独立性：
- 合伙人的出资义务是合伙协议中的基本条款，是合伙人加入合伙企业并享受相应权益的基础。这种义务具有独立性，不因其他因素（如承担债务）而自动免除或抵销。
债务承担与出资义务的关系：
- 合伙人按照约定份额替合伙企业承担债务，这是其对合伙企业的一种贡献或责任承担，但并不直接等同于履行了出资义务。出资义务和债务承担是两个不同的法律概念，各自具有独立的法律效果。
合伙协议的约定：
- 合伙协议是合伙人之间约定权利义务关系的重要文件。如果合伙协议中明确规定了合伙人承担债务可以抵销其出资义务，或者全体合伙人对此达成了一致意见，那么在这种情况下，承担债务可能被视为履行了部分或全部出资义务。但如果没有这样的约定或一致意见，则不能直接抵销。
全体合伙人的协商：
- 即使合伙协议中没有明确规定，全体合伙人也可以通过协商一致的方式，对合伙人承担债务与出资义务的关系进行调整。这种协商需要基于公平、合理的原则，并确保不损害合伙企业的利益和其他合伙人的权益。
法律建议：
- 审查合伙协议：首先，应仔细审查合伙协议中关于出资义务和债务承担的相关条款，了解是否有关于抵销的明确规定。
- 与全体合伙人协商：如果合伙协议中没有明确规定，或者规定不明确，建议与全体合伙人进行协商，就承担债务与出资义务的关系达成一致意见，并形成书面协议。
- 寻求法律支持：在协商过程中，如果遇到法律难题或争议，建议寻求专业律师的法律支持，以确保协商结果的合法性和有效性。
可能后果：
- 如果未经全体合伙人协商一致，擅自将承担债务视为履行出资义务，可能会引发合伙企业内部的纠纷和争议，甚至可能导致法律诉讼。
- 如果合伙协议中有明确规定或全体合伙人达成了一致意见，但未能按照约定履行，也可能面临违约责任和法律后果。
因此，在处理这类问题时，应谨慎对待，确保所有操作都符合法律法规和合伙协议的约定。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。