结论：共同出资合作经营中，一般不能直接以债务抵出资，但具体能否操作需视合作协议约定及法律规定而定。以下从不同角度进行详细分析：
一、合作协议约定优先
在共同出资合作经营中，合作各方通常会签订合作协议，明确各自的权利义务，包括出资方式、出资时间、利润分配、亏损承担等。如果合作协议中明确约定了可以用债务抵出资，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么按照协议约定执行即可。这种情况下，债务抵出资是合法有效的。
二、法律规定及限制
出资的合法性：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，股东或合作方可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。但债务并不属于上述可以出资的财产范围，因为债务本身是一种负担，而非资产。
债务抵出资的实质：如果试图以债务抵出资，实际上是在尝试将一种负担转化为资产，这在法律上是不被直接认可的。除非经过债权人和债务人的协商一致，将债务转化为对合作经营的出资，但这已经超出了简单的“债务抵出资”范畴，而是涉及到了债务重组或债转股等复杂法律操作。
保护债权人利益：法律对出资的严格规定，也是为了保护债权人的利益。如果允许随意以债务抵出资，可能会导致合作经营的资产不实，进而损害债权人的合法权益。
三、实际操作建议
审查合作协议：首先，应仔细审查合作协议中关于出资方式的约定，看是否有可以用债务抵出资的条款。
协商修改协议：如果合作协议中没有相关约定，但各方又希望以债务抵出资，那么应协商修改合作协议，明确债务抵出资的具体方式、条件、程序等，并确保修改后的协议不违反法律、行政法规的强制性规定。
寻求法律支持：在协商修改协议或进行债务抵出资操作时，建议寻求专业律师的法律支持，以确保操作的合法性和有效性。
四、可能的风险及后果
协议无效风险：如果合作协议中关于债务抵出资的约定违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定可能被认定为无效，导致出资无法完成。
法律责任风险：如果未经合法程序擅自以债务抵出资，可能会面临法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚等。
合作经营风险：债务抵出资可能导致合作经营的资产不实，进而影响合作经营的稳定性和盈利能力，甚至可能导致合作经营的失败。
综上所述，共同出资合作经营中一般不能直接以债务抵出资，但具体能否操作需视合作协议约定及法律规定而定。在进行相关操作时，建议谨慎审查合作协议、协商修改协议（如需）、寻求法律支持，并充分考虑可能的风险及后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。