在建设工程合同中，若未约定扣除质量保证金的数额，通常的处理方式会依据相关法律法规及行业惯例来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 依据法律法规确定：

   • 根据《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定，虽然具体数额可能未在合同中明确，但质量保证金的比例一般有上限规定，如不得超过工程价款结算总额的3%（具体比例可能因地区或政策调整而有所不同）。在合同未约定具体数额时，可参照此上限比例，结合工程实际情况，由双方协商确定一个合理的数额。
   • 若双方无法就质量保证金数额达成一致，且合同中未提供其他解决方式（如仲裁、诉讼等），则可能需要根据行业惯例或类似案例来推断一个合理的数额。但这种方式存在不确定性，因为行业惯例可能因地区、项目类型等因素而有所不同。

2. 依据行业惯例与公平原则：

   • 在建设工程领域，质量保证金是确保工程质量的一种常见方式。虽然合同未明确约定数额，但双方通常都会基于工程规模、复杂程度、风险等因素，遵循行业惯例来设定一个合理的比例。
   • 若行业惯例不明确或双方对惯例存在争议，则应遵循公平原则，即根据双方的实际贡献、风险承担等因素，合理分配质量保证金的数额。这可能需要双方进行协商，或寻求第三方（如专家、调解机构等）的协助。

3. 实际操作建议：

   • 协商确定：首先，建议双方通过友好协商，根据工程实际情况、行业惯例及公平原则，共同确定一个合理的质量保证金数额。
   • 补充协议：若协商成功，双方可签订补充协议，明确质量保证金的数额、支付方式、返还条件等条款，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 寻求法律帮助：若双方无法就质量保证金数额达成一致，且协商无果，建议寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。律师可以根据相关法律法规、行业惯例及双方提供的证据，为双方提供法律意见或代理诉讼/仲裁。

示例说明： 假设一个建设工程合同中未约定质量保证金的数额，但工程价款结算总额为1000万元。根据《建设工程质量保证金管理办法》及相关行业惯例，双方可协商确定质量保证金的比例为2%（即20万元）。若双方同意此比例，则可在补充协议中明确此数额及支付方式等条款。

总结与建议： 在建设工程合同中，未约定扣除质量保证金的数额时，双方应首先尝试通过协商确定一个合理的数额。若协商无果，可参照相关法律法规、行业惯例及公平原则来推断一个合理的数额。为避免未来可能出现的纠纷，建议双方在确定质量保证金数额后签订补充协议。若双方无法自行解决争议，建议寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。