公司是可以合法留存职工体检报告的，但这一行为必须严格遵循相关法律法规，并充分重视和保护员工的隐私权。以下是对此问题的详细解答：

一、合法性基础

1. 法律法规支持：根据《中华人民共和国职业病防治法》的相关规定，用人单位有责任为劳动者建立职业健康监护档案，并妥善保存，这其中包括了劳动者的职业健康检查结果。同时，《中华人民共和国劳动法》也强调了用人单位需为员工提供符合国家标准的劳动安全卫生条件，这间接支持了公司留存体检报告以维护劳动安全的合理性。

2. 合理使用范围：公司留存体检报告的目的应当明确且合理，主要限于与工作相关的范畴，如评估员工是否适合特定岗位、预防职业病的发生、管理员工健康状况，以及在劳务纠纷中作为证据使用等。

二、隐私保护措施

1. 获得员工同意：在留存体检报告之前，公司必须获得员工的明确书面同意。这是对员工个人隐私权的基本尊重和法律保障，未经同意擅自留存将构成对隐私权的侵犯。

2. 严格保密管理：

   • 公司应将体检报告视为高度敏感的个人信息，采取加密存储、限制查阅权限等技术和管理措施，确保信息的安全性和保密性。
   • 对于涉及员工个人隐私的敏感项目（如传染病、特定疾病等），应采取更加严格的保密措施，防止信息泄露给无关人员。

3. 保障员工权益：

   • 员工有权在需要时向公司申请查阅或复印自己的体检报告，公司应予以配合。
   • 当员工离职时，根据法律规定，员工有权索取本人职业健康监护档案的复印件，公司应如实、无偿提供，并在复印件上签章确认，以保障员工的合法权益。

三、留存体检报告的意义与实际操作

1. 健康管理：通过留存体检报告，公司可以建立完整的员工健康档案，有助于及时发现和预防潜在的健康问题，为员工提供更加个性化的健康管理服务。

2. 劳务纠纷处理：在发生劳务纠纷时，体检报告可以作为证明员工身体状况的重要证据，有助于公司维护自身的合法权益。

3. 提升员工福利：提供体检并留存报告是公司关心员工健康、提升员工福利的一种具体体现，有助于增强员工的归属感和忠诚度，促进公司的长期发展。

综上所述，公司留存职工体检报告是合法的，但必须在严格遵守法律法规和充分保护员工隐私的前提下进行。公司应建立完善的管理制度和操作流程，确保体检报告的合法、合规使用，同时切实保障员工的隐私权不受侵犯。