结论：工资是否已包含加班费，需根据劳动合同的具体约定和公司规章制度来确定。若合同或制度中明确约定工资包含加班费，且满足一定条件，则工资中确实包含了加班费；反之，则不包含。

详细分析：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 劳动合同约定：劳动合同是确定双方权利义务的重要依据。如果合同中明确约定了工资的具体构成，如“工资由基本工资、绩效工资及加班费组成，且加班费已包含在总工资中”，则表明工资中包含了加班费。但需注意，此类条款必须明确、公平，且满足一定条件，如约定的加班工资数目和加班时间必须明确，约定的加班时间不得超过《劳动法》规定的每月36小时限额，折算后的正常工作时间工资不得低于当地最低工资标准。
   • 公司规章制度规定：用人单位的规章制度也可能对工资构成作出规定。如果规章制度经过民主程序制定并向劳动者公示，且劳动者知晓并遵守该规定，那么规章制度中关于工资构成的规定也可作为判断依据。

2. 法律层面的区分：

   • 从法律层面讲，工资和加班费是两个不同的概念。工资是劳动者基于正常工作时间所获得的相对固定的报酬，而加班费是劳动者在规定工作时间之外继续工作所获得的额外劳动报酬。
   • 《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定了用人单位需支付高于正常工作时间工资的报酬作为加班费，这从法律层面将正常工作时间的工资与加班报酬进行了区分。

3. 司法实践中的认定：

   • 在司法实践中，法院会根据具体案件的事实和证据来判断工资是否包含加班费。如果劳动合同或公司规章制度中明确约定了工资的具体构成，并区分了基本工资和加班费，那么通常会按照约定来认定。
   • 如果劳动合同或规章制度中未明确约定，或者约定不明确，法院可能会根据行业惯例、劳动者实际获得的报酬情况等因素进行综合判断。

建议与注意事项：

• 查看合同与制度：首先，应仔细查看劳动合同和公司规章制度中关于工资构成和加班费支付的规定，以明确工资是否包含加班费。
• 保留证据：如果认为工资中未包含加班费，或者加班费支付不足，应保留好相关证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
• 合法维权：如果用人单位未按照法律规定或合同约定支付加班费，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的权益。

示例说明：

假设某劳动者的劳动合同中约定：“工资由基本工资3000元和加班费（按实际加班时间计算）组成，但每月总工资不低于4000元。”在此情况下，如果劳动者实际加班时间较少，导致加班费部分不足1000元，用人单位仍需按照合同约定支付至少4000元的总工资（其中包含加班费）。但如果合同中约定：“工资4000元，已包含加班费”，且未明确加班时间和加班费计算方式，则可能因条款不明确而引发争议。

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